一卵性双生児は遺伝的に同一だから、一致率が１ 親子の関係の場合、子はその遺伝子の半分を片親から引き継いでいるので、 兄弟姉妹(同胞)の場合は、親子の半分で したがって、同胞はだけ似通っている… 平均的には。 本当のところはどれくらいだろうか？ 今、…

自然数について、は、偶数のときは自然数、奇数のときは、を含む リンク public static double GammaLN(int df){ double chiProb=0; int evenodd=(int)(df)%2; if(evenodd==0){ for(double i=(double)df/2-1;i>0;i--){ chiProb+=Math.log(i); } }else{ chiPr…

アレル共有距離(Allele sharing distance)というのがある。これは、すべてのハプロタイプの差異が変異によるとみなしたときに適当な距離の定義である。種間距離を測るときなどは、これが適当である。全座位が異なるハプロタイプ同士の距離が最大となる。 組…

生命体集団が、空間中の適否に左右されながら、経時的に存在するとき、その分布行動は、おそらく粘菌のそれに近いだろうと予想する。 粘菌のそれ、とは 空間は十二分に広く、覆いつくせない 生命体(または、その集団)は、どんなに繁殖しても、個体数は少ない…

生命体が生命体として存在しているとき、複数の(多数の、膨大な多数の)要素が作用しあっている。要素同士は、協調しながら、足を引っ張りながら、相互の作用が一定範囲にとどまることから、生命体の「特徴」である「形質」が観測可能になる。観測するのに適…

単純なところでは、統計量の分散インフレーションがあるときに、メタアナリシスを行うとして、その分散インフレーションの補正項がどういう挙動をするのか、ということ 大まかなくくり（遺伝子とか、機能パスウェイ単位とか）での比較をしたいけれども、その…

共分散は２項目間の関係、多項目間の関係を含めた、分散・共分散・多次元共分散テンソル？ ２項目間の関係・ばらつきは、『面積』。多項目間は『多次元直方体』。モーメント。外積。

これの続き

ハプロタイプ配列の比較 ２染色体の配列が得られたとする。 同一か異なるかを座位ごとに比べることができる 同一か異なるかがどのように連結しているかを場合わけすることができる その連結具合の場合わけがどのような分布をするかがゲノムワイドで特徴を持…

カタラン数の規則をそのまま使って、組み換えなしの配列変遷を抽象的に捉える カタラン数の規則を(たぶん)若干改変・拡張して、組み換えありの配列変遷を抽象的に捉える PDFリンク 日記内リンク

カテゴリ数nで次元数kの高次元立方体分割表にて、k次元別に観測がなされたとする。そのときの自由度は

一般化平均: 最小値: 調和平均: 幾何平均: 算術平均: 二乗平均: 最大値: さらに一般化して一般化f平均 ある事象が確率pでおきるとき、その事象が繰り返し起きる確率は。一般化平均のいくつかの排反事象があるときに同一事象が繰り返し起きるときの確率の部分…

ディプロタイプとして、同居したハプロタイプ２本のヘテロ座位の間に組み換えが発生しうる。 組み換えは、遺伝的距離(物理的距離と組み換え率)が定める。 ディプロタイプとして、異なるハプロタイプ２本が同居するかどうかをHWDが定める。

真正粘菌変形体の時空バターン形成−振動と流動から細胞行動へ− パルス結合振動子モデルにおける進行波状態を応用したセンサネットワークのための自己組織型通信機構 解析的な解と、生物学的な解 一般的な意味での解析的な解は、「直観的」に得られたゴール …

2008年にブログに書いたり書かなかったりした事柄で、年越しを前に、机の上にはそれに関して整理のつかない走り書きが乱雑に積まれている。毎年のこと。来年につながるにしろつなげるにしろ、そうならないにしろ、そうしないにしろ、項目をリストにすること…

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nsample nmarker d d dsign(d) m ccov(t(m)) af

こちらから ガウス積分 特殊な場合 スターリングの公式 のとき、もしくは、精度を上げて、 ガンマ関数 (は自然数) d次元球の体積(半径)

モジホコリという粘菌は、迷路探索能力を発揮して、イグノーベル賞をとった(とらせた)生物ですが、それをタッパーに敷いた寒天培地上で活躍させてみた。 菌核を寒天培地上におき、霧吹きで湿らせて１夜空けると、華麗に黄色い姿を現した。 オートミールのか…

ポアッソン過程の生起間隔は指数分布 リンク リンク２ リンク３ 指数分布 指数分布の期待値は

package homoStretch; import java.io.IOException; public class CousinMarriage { int id; int gen; int num; int[] numInGen; Person[] person; int len; double rec; Person rootPerson=new Person(-1,-1); public CousinMarriage(int id,int gen,int nu…

Mathematicaのディリクレ乱数サンプリングも普通にガンマ関数 DirichletパーフェクトサンプリングＰＤＦ 京大数理解析研のサイトにアブストラクト coupling from the past(CFTP) アルゴリズムのjava applet

> rand1<-runif(1000) > rand2<-runif(1000) > rand2<-rand2*2*pi > X<-rand1*sin(rand2) > Y<-rand1*cos(rand2) > X<-sqrt(rand1)*sin(rand2) > Y<-sqrt(rand1)*cos(rand2) > plot(X,Y)参考にした乱数発生に関するMathematicaの記事

Rのspatstatには以下のようにして、ボロノイ図を描いてくれるものもある・・・ X<-runifpoint(42) plot(dirichlet(X)) plot(X,add=TRUE)

ディリクレ分布については、Wikipediaの記事がこちら。 このWikipedia記事の図は、３つの独立事象について、 をの場合について、の範囲での範囲について計算し、その結果を、x1,x2の軸についてプロットしたものである。 これをエクセルで計算するとこんな感…

トリオのデータからは、子の全座位のアレルの由来親が確認できます(以下の図参照)。 Father: F1F2F3... f1f2f3... Mother: M1M2M3... m1m2m3... Child: ...CiCi+1Ci+2Ci+3... = ...FiFi+1fi+2fi+3...fjfj+1fj+2fj+3... ...cici+1ci+2ci+3... = ...mimi+1mi+2…

こちらの記事をどうぞ に注意すれば 平均がmで、標準偏差がである確率分布は、定義より この条件を満たす確率分布で、エントロピーを最大にするのは、正規分布であることが示せる。この後は、上に挙げたリンクそのままなので割愛する ラグランジュの乗数法が…

bayesmパッケージをダウンロード library(bayesm) help(rdirichlet) set.seed(66) rdirichlet(c(rep(3,5))) sum(rdirichlet(c(rep(3,5)))) [1] 1