Chromatin marks identify critical cell types for fine mapping complex trait variants 概説記事 ゲノム・エピゲノムの公開データベースを用いてデータマイニングするはなし Chromatin marks DNAはヒストンとともにクロマチン構造をとっているが、そのヒ…

１番じゃなきゃシリーズでは、モンテカルロな評価と、正確確率的な評価の両方が面白い 正確確率的な評価には起こりうるすべての表をすべて挙げたい こちらでそれをうまくやるために図形数とかも考えてみたけれど、図形数として扱いやすいのはユークリッド座…

(選択肢) (上限・下限ありの連続帰結) (生起確率密度分布の集合) この分布、なんでもありにしてみよう。１峰性、多峰性、不連続、微分不能 観察であって、である 今、ある観察のもとで、ある選択肢の帰結生起確率密度分布を、を(等)分した多項分布とみなすこ…

単純な決断である、「帰結は成否の２通り」ｘ「選択肢は２つ」の場合ではあるが、選択肢０での成功は選択肢１での成功よりありがたく、選択肢０での失敗は選択肢１での失敗よりありがたく、選択肢１での成功は選択肢０での失敗よりありがたい、というような…

説明は後続記事 ](たとえば上限と下限があるような選択肢) (帰結) (生起確率密度分布の集合) 観察であって、である ただし、をであるようなについてとなっているの件数とする は

説明は後続記事 (選択肢) (帰結) (生起確率密度分布の集合) 観察であって、である ここでの要素はの４通りになる と、このようにやってきて、成書に当たると、そこで、ほぼ同様の記述や議論がなされていることがわかって、安心できる(こちら)

昨日の記事は一番じゃなきゃ、だめなんだ、の戦略の一般型の話 もっとも単純な決断である、「帰結は成否の２通り」ｘ「選択肢は２つ」の場合を、一般型で表現してみる (選択肢) (帰結) (生起確率密度分布の集合) 観察であって、である ここでの要素はの４通…

昨日の記事も一番じゃなきゃ、だめなんだ、の戦略の話 今日の記事はそれを一般型にして書き下してみる は選択肢とその集合 は帰結とその集合 帰結空間に関する確率密度分布の集合(限定すればそれは統計モデルになるが)をとする 今、選択肢における真の帰結生…

２つの選択肢があって、帰結が0/1であるときの決断方法について、ここなどで、選択肢が連続値で帰結も連続値であるときのことをここで書いた(そこではある変数によって定まる関数に関して積分する話があって、それは、functional integral 汎関数積分と呼ぶ…

２つの選択肢があって、帰結が0/1であるときの決断方法について、ここなどで書いた 選択肢が[0,1]と連続値をとり、帰結も量的だとする ただし、選択肢の帰結は単純に平均と分散で決まる正規分布のようなものではなく、任意の分布であるとしよう たとえばこん…

ICH 医薬品の臨床試験の実施に関する基準(GCP)のガイドライン 臨床試験を治験に準じたクオリティにして、臨床試験の結果を基に医療判断を下せるようにしようと言う主旨 こんな記事もある(新薬承認のための治験と臨床試験の違いとか…) ICH(The International …

遺伝子の発現制御の要素を分類するときには、次の２点で分ける 発現制御にかかわる要素を、すべて列挙するとすると、以下の２点が作る、２次元分割表のそれぞれのセルについて、列挙することになる。 分類の２尺度 １ 転写・翻訳という現象 ２ 現象のプレー…

この本の第３章 Algebraic and Geometric Methods in Statistics作者: Paolo Gibilisco,Eva Riccomagno,Maria Piera Rogantin,Henry P. Wynn出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2009/10/22メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを見…

「統計が弱いので教えてほしい」という依頼 全部で４時間 基礎医学から臨床医学までの雑多な大学院生と教官の集まり 「予習課題を出してもいいですか？自分はどんなデータをもっていて、それについて、解析してみることを課題にしておきましょう」と言ったら…

WikiのようなProjective Varietyのような絵(こちら)が書きたかったが… my.pr <- function(xy,x0,y0,y1){ k <- 1/(xy[,2]-y1+1) new.y <- y0 * k new.x <- x0 + (xy[,1]-x0) * k return(cbind(new.x,new.y)) } x <- y <- seq(from=-10,to=10,length=1000) xyz…

昨日の記事の続き 論文はこちら 計算機代数統計的に尤度関数を解くのはこんな感じ 尤度関数は必ずしも凸ではなく、そうすると複数の極大値があり得る 探索すると最大値にたどり着き損ねるので、すべての微分０の点を列挙して それらを比較して最大値を得るこ…

こちらの本の第18章(全体構成などはこちら) Algebraic Statistics for Computational Biology作者: L. Pachter,B. Sturmfels出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2005/08/22メディア: ハードカバー購入: 1人 クリック: 9回この商品を含むブ…

ここでcisエレメントのことをやった cis を連続するDNA分子上に制約した制御、transを(細胞内・核内の)自由移動の制御のことと考えるとする ここで｢制約」と「自由な範囲」について定義を変えると cis的なことを「同一細胞内でのこと」、trans的なことを「細…

限定された本数の観測データがあって、標本におけるマイナーアレルの比率が低いとき、その中にはどれくらいの本当のレアバリアントが含まれ、どれくらいの「本当はコモンバリアントだけれど、たまたま少ない本数しかマイナーアレルを示さなかった」ものが含…

勉強会の関連話題(こちら)でGFFフォーマットのことが出た。 Sequence ontology:The Sequence Ontology, or SO, is an ontology suitable for describing biological sequences (Wikipedia) Sequence ontology project GFFフォーマット:こちら GFF3フォーマッ…

Cis-regulatory elements: molecular mechanisms and evolutionary processes underlying divergence CTCF: Master Weaver of the Genome(Insulator) cisとtransのregulatory elements cis: DNA分子として連続していることをもって影響するもの trans: タン…