2016-12-01から1ヶ月間の記事一覧

ぱらぱらめくる『量子力学で生命の謎を解く』

量子力学で生命の謎を解く作者: ジム・アル-カリーリ,Jim Al-Khalili,ジョンジョー・マクファデン,Johnjoe McFadden,水谷淳出版社/メーカー: SBクリエイティブ発売日: 2015/09/16メディア: 単行本この商品を含むブログ (8件) を見る 目次 1 はしがき 2 生…

最小二乗法のための微分

シリーズの目次 --- title: "Differentiate Matrix Formula 線形代数式を微分する" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_c…

最小二乗法のための微分

シリーズの目次 --- title: "Differentiate Matrix Formula 線形代数式を微分する" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_c…

行列で最善の解

シリーズの目次 --- title: "Best answer with Matrix: Moore-Penrose Pseudo-inverse 行列で最善の解: ムーアペンローズ疑似逆行列" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ``…

行列でPCA

シリーズの目次 --- title: "PCA with Matrix 行列でPCA" author: "ryamada" date: "2016年12月24日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$set(echo = TRUE) li…

ぱらぱらめくる『Nature reviews genetics 2016』

今年も残すところ1週間あまり 例年のNature reviews geneticsを振り返るシリーズはもう少し押し詰まらずに書けていたけれど、今年は気が急くことも多く、ふと気が付けばクリスマスイブ… どこまでできるかわからないけれどやってみよう まずはタイトルとアブ…

行列で連立方程式

シリーズの目次 --- title: "Systems of Linear Equations with Matrix 行列で連立方程式" author: "ryamada" date: "2016年12月24日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr)…

行列で最小二乗法

シリーズの目次 --- title: "Least Squares with Matrix 行列で最小二乗法" author: "ryamada" date: "2016年12月23日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$se…

行列の特徴

シリーズの目次 --- title: "Properties of matrices 行列の特徴" author: "ryamada" date: "2016年12月22日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$set(echo = …

行列で変換

シリーズの目次 --- title: "Transformation with matrices 行列で変換" author: "ryamada" date: "2016年12月19日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TR…

行列で計算

シリーズの目次 --- title: "Calculation with matrices 行列で計算" author: "ryamada" date: "2016年12月18日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)…

統計遺伝学分野で生き抜くための数学〜精選〜

統計遺伝学分野で講義・演習形式で学ぶことを分類すると いわゆる、検定・推定、ベイズ いわゆる統計的学習 大規模推定・マルチプルテスティングっぽいこと それを支える数学 線形代数 微積(学部1回生向けの微積のための微積応用を2017年度に補助教材として…

線形代数

行列で計算 行列で変換 行列の特徴(分散共分散行列、正定値) 行列で最小二乗法 行列で連立方程式 行列でPCA 行列で最善の解 最小二乗法のための微分(補足資料) どうしてBLAS,LAPACK

情報幾何

目次 分布は点である フィッシャー情報量のいろいろ 双対平坦、双直交、双対座標系 指数型分布族と双対座標系 KLダイバージェンスと双対座標系

微積

微分積分には大事な概念がたくさんあるが、そこから入ると普通の微積の学び方になってしまう(それでももちろん良いのだろうけれど)ので、統計遺伝学のいつどこでどう使うのかを扱うこととし、そのトピックごとに必要な概念を覚えることにする。理解のために…

指数型分布族の間のKLd

一般的な関係式がある 指数分布族の自然パラメタ表現でのポテンシャル関数によって定まる ミスプリ???要、確認

指数型分布族に近似する

指数型分布族は便利 情報幾何で便利 ただし、複数の正規分布の混合とかが合わないので、不便 と書ければよいのだから となるような式を見つければよいのでは… としてを取ることにすれば、結局、確率密度関数の対数をとって、それを多項式近似すればよいので…

指数型分布族に近似する

時系列解析

メモ blog <- read.table("blog.txt",col.names=c("統計遺伝学","応用数学")) ryamada.two <- ts(blog, start=c(2005,1), end=c(2016, 11), frequency=12) plot(ryamada.two,plot.type="single",col=1:2) ryamada22 <- ts(blog$統計遺伝学, start=c(2005,1),…