一昨日の記事のJava版。 ２段階処理にすると、サンプルサイズが小さいときは、オーバーヘッドの部分のせいで、かえって遅くなるようだが、１００００を越えるあたりから、２段階処理の方が速い(ようだ） /* * 自由度２のフィッシャーは自由度１→２と2段階で…

新聞の広告欄に、はじめての数式処理ソフト CD-ROM付 (ブル-バックス) はじめての数式処理ソフト CD-ROM付 (ブル-バックス) 作者: 竹内薫 出版社/メーカー: 講談社 発売日: 2007/07/20 メディア: 新書 なる本が出ていた。フリーの数式処理ソフトMaximaのCD-R…

自由度２の分割表は２ｘ３テーブル。 XXXxxx合算 ケースabcg コントロールdefh 合計ijkn このテーブルの観測確率は 今、この周辺度数において、である場合を考える。 XXOthers合算 ケースa_xb_x+c_xg コントロールd_xe_x+f_xh 合計ij+kn ,,であるから、その…

A Survey of Genomic Properties for the Detection of Regulatory Polymorphisms Modeling Systems-Level Regulation of Host Immune Responses Binding Site Graphs: A New Graph Theoretical Framework for Prediction of Transcription Factor Binding S…

Network-Based Analysis of Affected Biological Processes in Type 2 Diabetes Models A Genomic Pathway Approach to a Complex Disease: Axon Guidance and Parkinson Disease Identification of Common Genetic Variation That Modulates Alternative Sp…

Exon Silencing by UAGG Motifs in Response to Neuronal Excitation Sing the Genome Electric: Excited Cells Adjust Their Splicing Splicing and the Evolution of Proteins in Mammals A New Approach for Using Genome Scans to Detect Recent Positiv…

２ｘ３分割表が得られたとする。 XXXxxx合算 ケースabcg コントロールdefh 合計ijkn 検定方法として漸近近似による方法として次のようなものがある。 カイ自乗検定では、 ２ｘ３分割表についてのそれ() アレルについて２x２分割表を作り直して Xx合算 ケース…

HWEの正確検定についてこんな記事(こちら)を書いた。そこでは、N人についての観測を、Nx2分割表として正確確率を計算することを述べた。 このNx2分割表についてのカイ自乗統計量がどのようにHWE検定のカイ自乗統計量と関係しているかを考える。 アレル１アレ…

エクセルはこちら。 添付のエクセルのB1セルには、カテゴリ数を入れる。 第３行がケースのカウント数、第４行がコントロールのカウント数。 第７行には、それぞれのカテゴリに与える重さを入れる。 たとえば、３段階の場合に、今、０，１、２が与えてある。 …

これに先立つ記事は7月10日(こちら)、14日(こちら)。 そこで登場した、尤度、累積尤度をシミュレートして雰囲気をつかむためのエクセルはこちら。 デフォルトでは、1000個（N)の独立一様乱数(0-1)の最小値を100回サンプリング(計1000x100 乱数)し、その100個…

最小P値の期待値、 今、N個の独立サンプルの最小P値がk回観測されたとする。その観測のもとでの、Nの最尤推定値は という特別な場合は Nの最尤推定値が１となるのは、 k=1回の観測p値が0.5の場合、N=1の場合の尤度もN=2の場合の尤度も１であるが、それは こ…

これに先立つ記事は7月10日(こちら) 独立テスト相当数をとしたときにを観測する尤度は、である。 この尤度関数のnに関する不定積分。 メモ書きをとりあえずここへ。となっているがとするべき箇所が散見される ただし、、 は漸化式になっていて、

ドラフト(のままかも知れない) 日 英

１ ゲノム地図について ゲノム配列を地図とする。 地図には表表示と裏表示がある(北半球を上にするやりかたと南半球を上にするやりかたのようなもの。ゲノム上の位置は、緯度を極から数えて0度から180度で表すようなもの)。 位置には、「海」「工場地帯」「…

メモサイト

M回の相互に独立ではないかもしれないテストを行ったときに得られる最小の検定P値について考える。 もしM回の非独立なテストが、N回の独立なテストに相当するとみなせるとする。 このとき、FWERの考え方から、最小のP値の累積確率はで表される。 これを微分…

SNPジェノタイプ２ｘ３表があるとする。 アレル本数０,１,２本に関するトレンドテスト。 今、２ｘ３表のケースコントロール合算ジェノタイプカウントについて、ヘテロ人数がH、総人数がN、全体での２アレルの頻度がp1,p2とする。 このとき、。 今、この２ｘ…

昨日、ラベルパーミュテーションをエクセルで簡易に行ってみた。 今日は、相互に独立でない２SNP(連鎖不平衡など)において同様にエクセルでラベルパーミュテーションし、その統計量を比較・プロットしてみた。 これは、２SNPのジェノタイプの近さと、２SNPか…

パーミュテーションテストはサンプルの従属変数ラベルの付け替えによって、統計量の分布を得る手法である。従属変数ラベルの付け替えを、とりうるすべてについて行えば正確確率検定と同じ結果になる。今、中規模以上のサンプルについては、ラベルの付け替え…

四面体の持つ４頂点のうち、１つを含む。この１つをもう一つの分体と共有しているので、八分の一()を所有している。 四面体の持つ、「SNP１個に相当する４辺」のうちの１辺の半分を有する。この半分辺は他の分体と共有しておらず、八分の一()を有しているこ…

作図アプリケーション シンデレラはこちら

ごく大雑把なつくりのドリフトシミュレーションソース package popGenet;public class Drift { /** * @param args */ int initpopsize; double mutrate; int numgen; //int popsizepattern;//0 constant, 1 exponential double expcoeff; public static void…

2006年12月5日の記事に、この件を書いた。そのときは、FWERの考え方と微分の考え方から、 なる式を示した。 昨日もその別の考え方を書いた。 もうひとつの考え方としては、こう。 N=2のとき、xy平面上の１辺の長さが１の正方形を考える。頂点を{0,0,0},{0,1,…

2006年12月5日の記事に、この件を書いた。そのときは、FWERの考え方と微分の考え方から、 なる式を示した。 この式の由来を幾何学的に考える。 均一確率分布からの独立なN回のサンプリングは、辺の長さが１のN次元立方体からのサンプリングであると考える。…

Handbook of Discrete and Computational Geometry (Discrete Mathematics and Its Applications)Chapman & Hall発売日：2004-04ブクログでレビューを見る» 駆け足で読む凸多面体の数学の対応講(第６講) Wikipedia Mathworld 有向マトロイド(Mathworld→凸多…