HWE
シリーズの目次 微分積分４多変量ベイズ推定のための偏微分作者: ryamada発売日: 2017/01/28メディア: Kindle版この商品を含むブログを見る --- title: "Calculus4 Partial differentiation" author: "ryamada" date: "2017年1月22日" output: html_document…
2015年度の修士向け講義は、「基礎の基礎」に戻ります(こちら) 日本人類遺伝学会の教育講演も、それに沿った話にします そのためのメモ こちらに図などがうまくいっていないかもしれないepub(文書の散逸防止のためにkindleにも置いています。以下のRmdファイ…
こちらから 2アレル多型の２つのアレルの頻度をそれぞれp1,p2とする HWEの下での3ディプロタイプの頻度をg1,g2,g3とする の関係にある g1,g2,g3には制約関数があるが、それを代数アプリケーションSingularで求めてみる ring p = 0,(p1,p2),lp; ring g = 0,(g…
アレル数 naのとき、ディプロタイプ数は ディプロタイプ数 ng のとき、観察数は ng 総人数はN ここで、na個のアレルのアレル頻度を p1,,,pnaとして推定します。 ここから期待ディプロタイプ人数がng個の数として推定される。 観察数 ng があって、その内訳を…
こちらから ２アレル多型の正確HWE検定はこちら（これは21世紀になってからAJHGに発表されたものだったはずだが） 多アレル版が1995年のGeneticsにあったようだ(こちら)
関係するRのパッケージはこちら This is something on the two types of test for 2x3 tables. When we do case-control association test for a SNP, we get a 2x3 table. For a 2x3 table from an autosomal SNP, we cat perform (1) 2x3 genotypic test w…
確率pで起き、確率1-pで起きないような何かがある ２回やったとき、「２回起きる」確率が、１回だけ起きる確率が、０回起きるのは 今、何箇所かでこれが起きるけれど、それぞれの場所でのは違っていてだとする。それぞれの場所ではが期待される 「何箇所」で…
こちらの講義に出席してみる RのGenetics関係のパッケージのページ(こちら) RでHWE library(HardyWeinberg) x <- c(100, 50, 10) HW.test <- HWChisq(x, verbose = TRUE) HW.lrtest <- HWLratio(x, verbose = TRUE) HW.exacttest <- HWExact(x, verbose = TR…
SNPのディプロタイプ頻度をとして表したときに、観察３ディプロタイプ人数を用いてその対数尤度はと表される HWEを仮定すると変数fは0に固定することになるので、変数はpのみ HWEの仮定とHWDの仮定では変数の個数が２，１と、その差が１。このためHWE検定の…
こちらでHWDを扱っている ２アレル型多型を考える アレル０、１の二つ。アレル１のアレル頻度をpとする アレルの分散は HWEな2倍体。３ジェノタイプの頻度は、 この分散は これはアレルの分散の2倍 HWEからずれると2倍体の分散は大きくなる HWEの程度は、HWE…
deFinetti<-function(g=c(0.09,0.42,0.49)){ x<-seq(from=-1/sqrt(3),to=1/sqrt(3),by=0.01) y<--1.5*x^2+1/6 plot(x,y,xlim=c(-1/sqrt(3),1/sqrt(3)),ylim=c(-1/3,2/3),type="l") abline(a=2/3,b=sqrt(3)) abline(a=2/3,b=-sqrt(3)) abline(h=-1/3) AA<-c(-…
hweExact<-function(g){ n<-sum(g) nA<-2*g[1]+g[2] na<-2*g[3]+g[2] evod<-g[2]%%2 obs<-(g[2]-evod)/2+1 maxAa<-min(nA,na)-evod Aa<-seq(from=evod,to=maxAa,by=2) AA<-(nA-Aa)/2 aa<-(na-Aa)/2 pr<-rep(0,length(Aa)) pr<-exp(n*lgamma(2+1)+lgamma(nA+1…
ディプロイドのコピー数多型が染色体別に決定されたとして、観測サンプルのコピー数別アレル数を確定的に算出し、それをもとに期待度数を算出し、観測度数と比較してカイ自乗検定をする場合と、ディプロイドの保有コピー総数のみが観測されて、それに基づい…
最大でなるコピー数アレルを有するCNVを考える。 集団内に実在するか否かは考慮せず、コピー数がの種類のアレルが存在するものとする。 アレル数はである。 ディプロタイプを考える。 ２アレルを区別して特定するようなジェノタイプ(ジェノタイプx)は種類あ…
アレルタイプ数をとする。Diploidではジェノタイプは。アレルをとし、その頻度を、観測本数をすると、ジェノタイプの観測人数がと表せる。 今、HWEにおける期待人数は,(ただしを観測人数、)と表される。 カイ自乗検定をするとすれば、、として表せる。 これ…
今、全部で人いるとする。染色体ハプロイドはセットある。１つの２アレル型SNPについて着目すると、２種類のアレル数はを満足する。他方、２アレルが作る３ジェノタイプの人数はを満足する。 この分配方式を一般的に定義しなおすと次のようになる。 N個の観…
HWEの正確検定についてこんな記事(こちら)を書いた。そこでは、N人についての観測を、Nx2分割表として正確確率を計算することを述べた。 このNx2分割表についてのカイ自乗統計量がどのようにHWE検定のカイ自乗統計量と関係しているかを考える。 アレル１アレ…
