Taxonomy3なる商業ベースの多変量遺伝因子解析ツールがあるそうです。 サイト記事を読んだ限りでの感想は以下の通り。 ケースやコントロールにも「遺伝要素の色が濃いことによって、ケースやコントロールになっている人」と、「非遺伝要素の色が濃いことによ…

混合正規分布検定 変分ベイズ法 分散安定化変換

今、家系図が与えられているものとする。遺伝子型データのシミュレーションをするとする。家系図の上流のサンプルの遺伝子型を決めたあとに、下流のサンプルの遺伝子型を決める必要がある。次のようにすることにする。 サンプル総数 N 家系図は、int tree = …

先日、複合遺伝性疾患のリスクをヒストグラム表示するための簡易Rコマンドを書いた。 その続き。 今、ある複合遺伝性疾患があって、その発病リスクは環境要因と遺伝要因とで構成され、それぞれは相互に独立であり、また、それぞれは正規分布を仮定できるとす…

発病リスクを遺伝因子リスクと環境因子リスクとに分ける。両者が独立であると仮定することが多い 遺伝因子リスクと環境因子リスクはいずれも正規分布を仮定することが多い 両者の和の分布は、平均値は、両分布の平均値の和、分散も両分布の平均値の和 カップ…

リスク 遺伝要因と環境要因の和とする。 遺伝要因と環境要因は独立とする。 遺伝要因も環境要因も平均0で分散vg,veの正規分布とする。 #Nは集団の人数 N<-100000 #gvfrac 遺伝率 gvfrac<-0.8 #遺伝要因を正規分布で仮定する g<-rnorm(N,mean=0,sd=sqrt(gvfra…

サイト移転とブログの関係 ホームページのコンテンツとWikiのコンテンツの移転をすることになり、作業をしました。 この移転コンテンツは、このブログからもたくさんのリンクが張られているので、リンク切れなど多少の問題が発生すると思います。 おおまかに…

遺伝性のある疾患は、発病者と遺伝的に近い人の発病率は、一般の発病率よりも高いことをもって評価するころがある。いわゆる、双生児再発危険率()や同胞再発危険率()である。 発病には、発病年齢や性別などが影響するので、その影響を「一般の発病率」に考慮…

こっちのＰＣで図ファイルを取り込ませたてふ文書はdvioutでもPDFでもカラーになるのに、こっちのＰＣではモノクロだ、というようなことがあった。 てふ文書の表記の問題ではなく、てふ文書からdvi文書へのコンバートプログラムのオプションの問題か、dviout…

Rではループを使わないようにするのがよいのだが・・・ "PlotTest.txt"なるファイルが次のようにあるとする。 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 9 9 9 0 0 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 18 18 17 15 15 9 0 0 19 19 …

ペトリネットなるものの話しを聞く機会があった。 「状態」 「動き」 「状態」と「動き」が連結される とでも言うものだろうか。「離散的なオブジェクト」が、「状態」「動き」「連結具合」にしたがって、移動する。Wikipediaはこちら

友人から、教えてもらいました JSNP で疾患形質関連SNPリストが検索できる（こちら） その元ネタはこちら