師玉康成先生のサイト「集合の基礎的性質」はこちら

てふで数式を書くについては、はてな、のおかげでずいぶんなれた。dvioutを使ってデスクトップで、文書も作れる。dvioutは便利で、PDFファイルを作成する必要なぞ、ついぞなかったが、dvioutなどを持たないヒトにプリントアウトでなく、ファイルで提示するに…

ただし、はを包含するSNP数kであるような部分ハプロタイプ 追記(2006.04.22) この漸化式が任意のxについて、ハプロタイプ頻度の総和として１を返すことの確認は、プログラム化することで確認した。

SNPが作るジェノタイプは、２つ以上のSNPでヘテロのときに、そのハプロタイプ型を確定できない。このような「ハプロタイプ非確定型」ジェノタイプの数はどのくらいあるか。 SNP数 ハプロタイプ非確定型ジェノタイプ数

単語がわからないのは、まだよい。その単語のもつ概念は、数学では日常の言語には依存していないから。 困るのは、「言い回し」 ずいぶん前から、手元においてある本で、役にたっているのは、こちら(ただし、網羅できるものではなく、次から次にわからない言…

先日、EMアルゴリズムによるハプロタイプ頻度推定が、その初期値設定に依存して、異なる解に収束することを例示した。(記事はこちら) その様子をプロットで示すとこのようになる。 エクセルはブルーのセルに２SNP、９ジェノタイプの人数を入れる。ハプロタイ…

ハプロタイプ、というか、アレル、というかの空間の広さについて 今、i 種類のアレルによって、占められている染色体空間がある。第j番アレルの頻度をと表せば、である。今、このような空間がどのくらい広いかを考える。i 種類のアレルのそれぞれについて、…

EMアルゴリズムは、その簡単なアルゴリズムにも関わらず、最大尤度を与える推定値への収束が知られている。 しかしながら、離散分布においては、特に周辺分布(ハプロタイプ頻度ならば、ゼロに近い 頻度)において、収束速度の低下や、極大尤度への収束が起き…

EndNoteは文献管理、文献引用つき文書の作成に便利だけれど、てふで原稿を書くとそうは行かない。 注意：platex コマンドで変換するが、第1回の変換だけだと、レファレンスセクションの記載が変換され、本文中の引用表示([1]など)は[?]となり、2回目の変換に…

連鎖解析の構成家系が複数あり、家系ごとにローカスが異なるとき、全家系の原因ローカスの伝達を説明しようとすると、検出が難しくなる(Heterogeneity)。そんなとき、解析複数家系をsubsetに分ける工夫がある たとえばこの記事とかこちらとか プログラムは F…

2SNP間の連鎖不平衡の評価値LODを算出するためのプログラムソースを書いてもらうための説明文 以前の記事(別テイスト)はこちら

今、０以上の変数ｘについて一様減少で無限大にて定数に収束する分布が得られたとする。正の数についてかと思ったら、の方が近似がよさそうだ。このとき、このｘとｙの間の関係について、何を考え直すのがよいのか・・・。 掲載プロットを描くエクセルはこち…

超幾何分布 母集団の個体数が 母集団の個体は特性Aの有無で２種類に分けられ、その数はとである 特性Aを有する比率 今、標本をサンプリングし、そのうち、が特性を有し、それ以外が有していないとする( このような標本を得る確率は、超幾何分布になり、次の…