まずはURL集め。 某氏紹介サイト５箇所なり。 PMV LAM MPI MPI・LAM MPI 以前の記事はこちらとこちら

入力ファイル ３次元データは次のように持っているものとする(タブ区切りで３軸の値がカラム名つきでテキストファイル) x y z 1 1 5 1 2 6 1 3 6.5 1 4 5 2 1 4 2 2 4.5 2 3 5.5 2 4 6.5 3 1 5 3 2 7 3 3 9 3 4 11 ファイルを読み込み > dataHoge<-read.tabe…

HapMap,Haploviewにてトリオ(CEUサンプル、YRIサンプル)のデータをハンドリングしている箇所は、オープンソースHaploviewの "edu.mit.wi.haploview"パッケージの"HaploData.java"クラス。 トリオ関係については、ソースにじか書きしてあって("edu.mit.wi.hap…

昨日、一昨日、Rのnls(non-linear square),optim("optim"ize)関数についてメモした。いずれも非線形最適化の関数である。 「非」「線形」最適化と銘打つからには、「線形」最適化もあり、「非線形」でも「線形」でもない最適化も存在する。 その最適化の関係…

分子間結合力を応用した、ノード配置の最適化に関する記事(こちら) フックの法則(すべてのものはバネであり、位置で微分したものが力を与えるとき、その力がどんな形式であっても、極小付近ではフックの法則が成り立つ)についてはこちら さらに数式的解説は…

こちらのフリーソフト、使えます

こちらなど

RのWikiはこちら

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Rのwikiの記事はこちら datax,datayにデータペアがあり、今、式へのあてはめを考えているとすると、変数a,b,cについて、その初期値をc(0.5,0.5,0.5)と与えてやり、次のように実行する f <- function(x) { a <-x[1] b <-x[2] c <-x[3] sum((datay-(a*exp(b*da…

optim関数に関する記事は本日の下の方こちら nls関数に関する記事は昨日こちら 指数関数近似にて、図の黒がデータ、赤がnlsのデフォルト実行結果、青がoptimのデフォルト実行結果(みづらい向きには、ファイルをローカルに保存すると多少改善します) のa,b,c…

nls関数を用いて、テキストファイルからデータを読み取り、非線形最適化をし、その推定パラメタをファイル出力する関数(ごくごく私的な用途、メモ代わり) est<-function(file){ data<-read.table(file,TRUE,"\t") datax<-data$x datay<-data$ydatax<-datax/1…

Rの Htmlヘルプ"nls{stats}","nlsModel{stats}"も参考のこと ごくごく簡単に 今、に近似できるデータを持っているとする。a,b,kの値がわからないので、それを推定したいとする。データは datay,dataxというペアデータとしてもっているとする。 このようなと…

最尤推定や最小自乗法等、ある目的関数の最適化に用いる汎用関数 RWikiの該当ページはこちら Rの Htmlヘルプ"nlm{stats}"も参考のこと ごくごく簡単に 今、に近似できるデータを持っているとする。aの値がわからないので、それを推定したいとする。データは …

HapMapプロジェクトのページはこちら データのダウンロードはこちら LDのダウンロードファイルはこちら HapMap論文(2005年)はこちら LDデータをダウンロードして、使い始める前に、少しだけ、気になることを確認する ゲノム上SNPの間隔について アレル頻度5%…

Rの該当ページ 日本語のページ Rのページに従って計算。 8x8 相関係数行列の要素(要素数 64)をカンマ区切りで代入して、上記Rの該当ページに沿って実行(Matrix化、逆行列化、対角化、行列演算) > corMatlist<-c(1,0.014612303,0.026175719,0.002868667,0.023…

相関係数・偏相関係数の計算ソースを書くと、それ以外の数値の扱いとも同様だが、分母がゼロになって割り算が不能だったり、切りのよい結果(１や０など）が返るべきところで、0.9999999999999999 などが出て困る。 NaN サイト "Not a Number"の略 NaNか否か…

上記記事は、２アレルの場合であった。p,(1-p)というアレル頻度の状態から遺伝的浮動の結果、どちらか片方のアレルに固定される確率過程を扱ったということである。 ２アレルでない場合もある。遺伝的浮動は、「存在していたアレルがついに消滅すること」で…

書き直して 超幾何関数の記事 超幾何分布の記事(こちら) 超幾何分布を図示するサイト

拡散方程式は次のようになる。ただし、Nは集団の大きさ 、ただし、xは0より大、1より小 この拡散方程式の厳密解 ただし、は超幾何関数(これについてはこちら) 超幾何関数は、この記事にもあるように、無限個の項の和で定義されるが、実は、のが効いていて、i…

遺伝的浮動とは：記事はこちら 拡散方程式 物理現象・熱力学現象を既述するのに、偏微分方程式が用いられる 拡散方程式は、時間に関する偏微分と空間に関する２階偏微分(と１階偏微分との和)が比例するという方程式で、拡散現象や熱の振る舞いを記述できる …

このページは、脈絡のないメモ。とりあえず、いつものように、ウェブでサイトを集めてみる 基本的なソースとともに、教科書的な順行性記載のページ 分岐が深そうなサイト 日本語プログラム言語「ひまわり」を用いたシミュレータのダウンロードサイト 数式が…