> x <- c(9,9:1) > y <- c(1,1,3:1,1:4,3) > z <-c(2,1:9) > mat<-matrix(c(x,y,z),nrow=length(x)) > mat [,1] [,2] [,3] [1,] 9 1 2 [2,] 9 1 1 [3,] 8 3 2 [4,] 7 2 3 [5,] 6 1 4 [6,] 5 1 5 [7,] 4 2 6 [8,] 3 3 7 [9,] 2 4 8 [10,] 1 3 9 > ordmat<-mat…

Wikipediaの記事

listingsパッケージを使う 入手。。。こちらからリンクをたどる \usepackage{listings} ... \begin{document} \lstset{language=R,frame=ltrb,framesep=6pt} \begin{lstlisting} #test x<-runif(1000) plot(sort(x)) \end{lstlisting} \end{document} いただ…

今年も残すところあとわずか。最後に「ぱらぱらめくった」のは・・・、３月でした。大急ぎでぱらぱらめくる。

近親交配の影響を量的に考える

Fstの今

Quantitative traitsのおさらい

gene-gene interactionを解析するということとは解析のスタイルとしてどういうことかという視点で、大まかに整理

一般論としてGWASデータをどう確たるものにするか、についての、おさらい

転写因子のわかっていないことを示しつつ、わかっていないことを分類して方向性を記載

極端な捉え方だが、この先には、展開があると思う nature review genetics の紹介記事 その元論文１ その元論文２

Spatial patterns of variation due to natural selection in humans by J. Novembre and A. Di Rienzo in Nature reviews genetics

総サンプル数を固定して、行数、列数を指定して適当に周辺度数を与えて、その期待度数の表を作る # <desc> 総サンプル数がnで、行数がs、列数がtの分割表を適当に作る。自然数nをsに分けるとき、長さnの数列のn-1の分割可能箇所からs箇所を選ぶことで可能なので、</desc>…

昨日は高次元分割表の場合列挙をやってみた。列挙ができたら(所要時間の問題はさて置き)、その正確生起確率が計算できて、それを使って、「Fisherの正確検定」もできることになる。 たとえば・・・ (000,001,010,011,100,101,110,111)のパターンが(100,0,0,1…

こちらを参照

昨日、N個のものをk種類に分けるわけ方について、各種類に上限数があるときに、何通りの分け方があるかについて書いた。 少し、変える。 N個のものがあって、第1の因子では、あるわけ方をされ、第2の因子では、別の分け方をされ、。。。と高次に分けられてい…

今、k種類の椅子がそれぞれ、n1,n2,...,nk個あるとする。そこに、m人の人が座るとする。ただし、なので、全員が座れる。このようなときに、k種類のそれぞれに座る人数を、m1,m2,..,mk ()としたとき、このm1,..,mkのパターンは何通りあるのだろう。。。Ｒのソ…

標準的な関数、たとえば"prop.test"は > prop.testと打てば、コンソールに表示される これをテキストファイルに書き出して、カスタマイズしたいとき dput(prop.test,file="hoge.R")とそればよい

以前にも、自動インストールを紹介したことがある。 今回は、「ジャーナル投稿規定」→「LaTeXはLaTeX2eで、の指定」→「バージョン確認などが面倒なので、推奨されるままに、別途WindowsXPに導入することに」→「紹介リンク先」→「手っ取り早く入れたい人用の…

PLoS Geneticsの論文です。 A Genealogical Interpretation of Principal Components Analysis. by Gil McVean non-parametricに次元圧縮をする手法であるPCA,SVDからの情報を使って、コアレセントモデルにあてはめて推定する話し ＰＣＡとその親類であるSVD…

周辺度数を与えて、ランダムに２ｘ３表を作る sample2x3<-function(m1=c(100,200),m2=c(50,100,150),n=1){ #出力用の行列を用意する answer<-matrix(rep(0,n*6),nrow=n) sum<-sum(m1) # 第１群と第２群の人数和を出す m1m2<-m2[1]+m2[2] # １から総人数のシ…

アドビのイラストレータはよいアプリケーションだが、機能が多すぎて、やりたいことに行き着きにくい(よくないアプリケーションということになるか)・・・こんなサイト。イラストレータにTex数式を入れるには、こんなアプリも(TeX2img)

Ｒでコプロットをする。ｘ軸とｙ軸の長さをきちんと正確に揃えたいとする。何もしないでいると、描画領域を分割したりすると、勝手に拡縮されて形が歪む。 それを防止するために par(pin=c(2,2)) のようにする。これは、"p"lot 領域を"in"ch (インチ)で指定…

2x3表 *1があるとする。 これと周辺度数を同じくする表を全部作りたい。。。その数も知りたい。。。 Rでやるなら makeTables<-function(t){ t2<-matrix(t,nrow=2) m1<-funcm1(t2) m2<-funcm2(t2) m<-sum(t2) x<-seq(0,min(m1[1],m2[1])) y<-seq(0,min(m1[1],…

複数のサンプリングをする。 それぞれがある自由度のカイ自乗分布をとる。 カイ自乗値の合計の分布は、自由度の合計を自由度としたカイ自乗分布になる。 幾何学的には、「球」。 N<-100000 R1<-runif(N) R2<-runif(N) D1<-1 D2<-1 Dsum<-D1+D2 C1<-qchisq(1-…

ただし、 の大小関係について、みてみる

n次元ユークリッド空間に、相互に直交するn本の単位ベクトルを置き、,,とすると、この部分空間はn-1次元である。 このn-1次元部分空間上に、相互に対称な、n本のベクトルを置くことを考える。 を中心とする。このを用いて、を定めると、n本のベクトルが、n-1…

日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出版社/メーカー: 日本経済新聞社発売日: 2006/03/20メディア: 単行本購入: 28人 クリック: 366回この商品を含…