2012-04-01から1ヶ月間の記事一覧

判断支援という視点から

DNA鑑定というのは、DNAの情報を尤度にする部分と、そのDNA由来の尤度を使って、「判断」を下す手助けをする部分がくっついている。後者(「判断」の手助け)は、もともとDNAとは関係ないのだが… 臨床診断(こちらとかこちらとか)は、そもそも、「判断」。意見…

紋の鑑定

指紋fingerprint 鑑定 package fingerprint 指紋は、位置に関して0/1の情報として取り込む 距離の取り方いろいろ(こちら) 声紋sound spectrogram 鑑定 Spectrogram の一つ Time, Frequency, Amplitudeの3次元データ seewave package ?

リウマチ性疾患の制圧に向けて

東京高輪で日本リウマチ学会が開かれている 疾患 関節リウマチ ループスとその他のいわゆる抗核抗体陽性系の多臓器自己免疫疾患 血管炎症候群 病態 病勢全般(リウマチ〜内科治療の標的として) 臓器別(ループスとその他のANA(+)膠原病) 骨・軟骨 骨粗鬆症 関…

分布のわずかな変化を数値化したい

"multidimensional","subtle"などの単語でgoogle Visualization(TIBCO) Monte_Carlo 分布の違い検出 1次元データならKolmogorov-Smirnov test(これは昨日の記事でも扱った),Liliefors test, Shapiro-Wilk test, t-Test,Anderson-Darling test 多次元(時系列…

de novo 変異の検定

こちら("Exome sequencing supports a de novo mutational paradigm for schizophrenia")の論文では、表現型に「機能性の予想される」「de novo 変異」をエクソーム・シークエンスで探している de novo と思われる変異をシークエンシングで見つけて その変異…

de novo mutations

メモ

こちらから メチローム 配列手順 メチル化状態特化対応(メチル化屋):Alignment of bisulfite converted reads to the reference genome. 位置決め((マップ屋):Detailed mapping of methylcytosine positions. 違いの検出・検定(統計屋):Discovery of diff…

疫学調査(疫学パッケージ)の標本数計算

epicalcパッケージのチュートリアル(こちら)の第24章にそれが書かれているのでなぞってみよう 4タイプの標本数計算関数 (1) Prevalence調査のため (2) 2群の比率の比較(ケース・コントロール、クロス・セクショナル、、コホート、randomized-controlled) (3…

使用中のR環境の掃除と整理整頓に関するトリビア

R

大きなデータを扱う予定だけれど、まずは、ちゃんと意図した通りに動くコマンドを作りたいとき epicalcパッケージのチュートリアル(こちら)の第26章にそれが書かれているのでなぞってみよう # 関数は残して、オブジェクトとデータフレームを全部なくしてから…

疫学のためのR

Epicalcパッケージとその大部な文書(こちら) Epiパッケージ そのチュートリアル 時系列で扱うことも含めて、「簡便に使えるように」「処理をブラックボックス化して」という哲学でできている感じのパッケージ 時間情報を取り込んだ上での、フィッティングと…

疫学のパッケージ

物理学のアナロジーとしての生物学

解析力学(こちらを参照) ニュートンの運動方程式 その表現方法としてのラグラジアン その表現の別方法としてのハミルトニアン されにその別方法としてのシンプレクティック表現…代数的表現化? 多体問題とその数値計算にからんでシンプレクティック(こちら) …

多アレル多型の正確HWE検定

こちらから 2アレル多型の正確HWE検定はこちら(これは21世紀になってからAJHGに発表されたものだったはずだが) 多アレル版が1995年のGeneticsにあったようだ(こちら)

多次元FACS自動コール

フローサイトメーターデータの解析概説(こちら) 生データ→データの質チェック→正規化→外れ値の除去→自動ゲーティング→クラスター→ラベル付け→特徴抽出→解釈 既存の方法の分類 分類するための尺度 外れ値除去法 分布利用 距離利用 自動ゲーティング法 Supervi…

フローサイトメーター自動コール

差分と畳み込みを組み合わせる

異なる観察時刻を扱うために、補間した(こちら) 時系列データの異同を相関関数で評価した(こちら) 因果関係を考えるときには、観察値の微分・積分を考慮することもあることも考えた(こちら) いわゆる臨床時系列データをシミュレーションした(こちら) これら…

ぱらぱらめくる『Nonuniform Sampling: Theory and Practice (Information Technology: Transmission, Processing, and Storage)』

Nonuniform Sampling: Theory and Practice (Information Technology: Transmission, Processing and Storage)作者: Farokh Marvasti出版社/メーカー: Springer発売日: 2001/11/30メディア: ハードカバー クリック: 5回この商品を含むブログ (2件) を見る ひ…

疎なデータ・不均等サンプリング:時系列解析のメモ

"Sparse"(疎), "nonuniform"(不均等) Multi-dimensional sparse time series: feature extraction Feature Extraction Statistical Inference Methods for Sparse Biological Time Series Data Sparse spectral-line estimation for nonuniformly sampled mu…