2007-09-01から1ヶ月間の記事一覧

重み付け

今、2x3観測分割表を 111222sum c1n11n12n22n1* c2n21n22n23n2* sumn*1n*2n*3n** と置く。 これから、c1, c2が独立であるときの期待値の表を作り、次のように表す 111222sum c1e11e12e22e1* c2e21e22e23e2* sume*1e*2e*3e** さらに、観測度数と期待値との…

GC補正

やっつけ仕事でGC補正をしたいとき。 public class gC { public double lambdaori; public double lambda; public double[] correctedPs; public static double chimedian = 0.454936425; public double minpOri; public double minpCorr; public double min…

補正項。と

あるp値がある。それに相当する自由度1のカイ自乗値をcとする。Genomic control 補正項にて補正したあとのカイ自乗値をc'(とし、それから得られるp'を補正後p値とする。今、同様にp値から、z検定(正規分布検定)のz統計量が得られる。zとする。今、適当な補…

2x3分割表のKruskal-Wallis,Jonckheere-Terpstraの挙動

ここ数日の記事にて、形質に3タイプ以上の順位カテゴリや、量的形質を持ってきたときにKruskal-Wallis(3ジェノタイプに順序を考慮せず)と、Jonckheere-Terpstra(3ジェノタイプに順序を考慮する)とを適用することを書いてきた。今、ケースコントロール2x…

Jonckheere-Terpstra

import java.io.IOException; public class Jonckheere { int nGroup; int nRecord; int[] nRecPerGroup; double[][] data; //double[][] rank; double T; //double Tinv; double p; //double pinv; /** * @param args */ public static void main(String[] …

Kruskal-Wallisの準備。順位

public static double[][] bublSortSameValsRank(double[] p){ double[] copyP = DeepCopyDouble1(p); int[] ret = new int[p.length]; double[][] ret2 = new double[p.length][5]; for(int i=0;i<ret.length;i++){ ret[i]=i; } boolean flag=true; boolean sameflag=false; for(int i=copyP.length-1;i>=0;i--){ for(int …</ret.length;i++){>

Kruskal-Wallis

import java.io.IOException; public class kruskalWallis { int nGroup; int nRecord; int[] nRecPerGroup; double[][] data; double[][] rank; double T; double p; /** * @param args */ public static void main(String[] args) throws IOException { //…

Jonckheere-Terpstra

Jonckheere-Terpstraでは、観測グループに順序を持ち込む。 そのためにk個のサンプルグループが作るペア()について、次のようにランクに基づく量,を算出し、それを全ペアについての総和をとる。 は、群の観測値について、群の個々の観測値のうち、a個につい…

Kruskal-Wallis

今、全観測がN。観測グループ(サンプル)がk。それぞれの観測グループ(サンプル)に観測された数を,,とする。第i観測グループの第j番目(の観測値をとする。 Kruskal-Wallisでは、全レコードを順位に変換して扱う。これをとする。 同一観測値のデータがある場合…

ケースコントロール関連以外でパーミュテーションテスト

こちらのレビュー(Crit Care. 2004; 8(3): 196–199.)が簡潔にまとまっている。 Statistics review 10: Further nonparametric methods ちなみにこのレビューシリーズは、全14回(継続中?) このシリーズ1−14回へのリンクはこちら。 データ SNPのジェノタイ…

Crit. Careの統計手法レビュー第1−14回

Statistics review 1: Presenting and summarising data Statistics review 2: Samples and populations Statistics review 3: Hypothesis testing and P values Statistics review 4: Sample size calculations Statistics review 5: Comparison of means S…

ケースコントロール関連以外でパーミュテーションテスト(メモ)

plinkではQuantitative traitに対する単一SNP検定として、Waldテスト、尤度比検定を用いている。 こちらのレビュー(Crit Care. 2004; 8(3): 196–199.)の方が簡潔にまとまっている。 Statistics review 10: Further nonparametric methods ちなみにこのレビュ…

東大医科研HGC講義等資料へのリンク(2007)

第42回糖尿病学の進歩 2008/02/15 1型糖尿病のupdate 連鎖不平衡解析による疾患関連遺伝子探索の現状と課題 パワーポイント バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007) 2007/11/22-23 ゲノムワイドアソシエーションスタディにおける、多仮…

理研SRCリウマチチームスライド等へのリンク

2000-2004年度

京大CMGスライド等へのリンク

2005-2007年度

東大医科研HGC講義等資料へのリンク(2009)

こちら

東大医科研HGC講義等資料へのリンク(2008)

こちら

駆け足で読む論理と計算のしくみ

論理と計算のしくみ作者: 萩谷昌己,西崎真也出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2007/06/27メディア: 単行本購入: 14人 クリック: 442回この商品を含むブログ (36件) を見る論理は考え方とその記載規則 計算機計算は、ヒトが論理を遂行する行為の代行 論理は…

駆け足で読む東大教養囲碁講座

教科書は東大教養囲碁講座―ゼロからわかりやすく (光文社新書)作者: 石倉昇,梅沢由香里,黒瀧正憲,兵頭俊夫出版社/メーカー: 光文社発売日: 2007/07/01メディア: 新書購入: 9人 クリック: 79回この商品を含むブログ (26件) を見る幼い頃、父親が碁石と碁盤を…

駆け足で読む 球面上の代数的組合せ理論 付録A 付録B

教科書球面上の代数的組合せ理論 (シュプリンガー現代数学シリーズ)作者: 坂内英一,坂内悦子出版社/メーカー: シュプリンガー・フェアラーク東京発売日: 1999/09メディア: 単行本 クリック: 17回この商品を含むブログ (2件) を見る巻末に付録AとBとがある。 …

価値の高い場合に集中する

マルチプルテスティング補正において頑健な手法としてパーミュテーションテストがある。GWAにおいても形質のラベルシャッフリングの全順列を調べ上げる方法と、全順列は多すぎるので、モンテカルロ・シミュレーションにより、順列を抽出チェックすることで、…

[[HWE]Wright's F、3ジェノタイプ、アレル頻度 その他

Fについてはこちら。 ジェノタイプ頻度とFの関係については、こちら。 SNPがある。アレル頻度をとする。3ジェノタイプの頻度をとする。 なる関係にあり、 である。 あるアレル頻度において、はのときに最大で1となり、HWEを満足するときに0となり、のとき…

SNPアレル検定メモ

2x3のSNPジェノタイプ分割表を観測し、そこから、アレルについての2x2分割表を作成し、その2x2分割表についてケース・コントロールの独立性検定をするということはどういうことか。 2x2の分割表の周辺度数を満足する場合をすべて考慮するという…

複数のSNPのHWEに適用すると・・・

HWE

ディプロタイプを観測するということ

今、全部で人いるとする。染色体ハプロイドはセットある。1つの2アレル型SNPについて着目すると、2種類のアレル数はを満足する。他方、2アレルが作る3ジェノタイプの人数はを満足する。 この分配方式を一般的に定義しなおすと次のようになる。 N個の観…