今、２ｘ３観測分割表を 111222sum c1n11n12n22n1* c2n21n22n23n2* sumn*1n*2n*3n** と置く。 これから、c1, c2が独立であるときの期待値の表を作り、次のように表す 111222sum c1e11e12e22e1* c2e21e22e23e2* sume*1e*2e*3e** さらに、観測度数と期待値との…

やっつけ仕事でGC補正をしたいとき。 public class gC { public double lambdaori; public double lambda; public double[] correctedPs; public static double chimedian = 0.454936425; public double minpOri; public double minpCorr; public double min…

あるp値がある。それに相当する自由度１のカイ自乗値をcとする。Genomic control 補正項にて補正したあとのカイ自乗値をc'(とし、それから得られるp'を補正後p値とする。今、同様にp値から、z検定(正規分布検定)のz統計量が得られる。zとする。今、適当な補…

ここ数日の記事にて、形質に３タイプ以上の順位カテゴリや、量的形質を持ってきたときにKruskal-Wallis(３ジェノタイプに順序を考慮せず)と、Jonckheere-Terpstra(３ジェノタイプに順序を考慮する)とを適用することを書いてきた。今、ケースコントロール２ｘ…

import java.io.IOException; public class Jonckheere { int nGroup; int nRecord; int[] nRecPerGroup; double[][] data; //double[][] rank; double T; //double Tinv; double p; //double pinv; /** * @param args */ public static void main(String[] …

public static double[][] bublSortSameValsRank(double[] p){ double[] copyP = DeepCopyDouble1(p); int[] ret = new int[p.length]; double[][] ret2 = new double[p.length][5]; for(int i=0;i<ret.length;i++){ ret[i]=i; } boolean flag=true; boolean sameflag=false; for(int i=copyP.length-1;i>=0;i--){ for(int …</ret.length;i++){>

import java.io.IOException; public class kruskalWallis { int nGroup; int nRecord; int[] nRecPerGroup; double[][] data; double[][] rank; double T; double p; /** * @param args */ public static void main(String[] args) throws IOException { //…

Jonckheere-Terpstraでは、観測グループに順序を持ち込む。 そのためにk個のサンプルグループが作るペア()について、次のようにランクに基づく量,を算出し、それを全ペアについての総和をとる。 は、群の観測値について、群の個々の観測値のうち、a個につい…

今、全観測がN。観測グループ(サンプル)がk。それぞれの観測グループ(サンプル)に観測された数を,,とする。第i観測グループの第j番目(の観測値をとする。 Kruskal-Wallisでは、全レコードを順位に変換して扱う。これをとする。 同一観測値のデータがある場合…

こちらのレビュー(Crit Care. 2004; 8(3): 196–199.)が簡潔にまとまっている。 Statistics review 10: Further nonparametric methods ちなみにこのレビューシリーズは、全14回(継続中？) このシリーズ１−１４回へのリンクはこちら。 データ SNPのジェノタイ…

Statistics review 1: Presenting and summarising data Statistics review 2: Samples and populations Statistics review 3: Hypothesis testing and P values Statistics review 4: Sample size calculations Statistics review 5: Comparison of means S…

plinkではQuantitative traitに対する単一SNP検定として、Waldテスト、尤度比検定を用いている。 こちらのレビュー(Crit Care. 2004; 8(3): 196–199.)の方が簡潔にまとまっている。 Statistics review 10: Further nonparametric methods ちなみにこのレビュ…

第42回糖尿病学の進歩 2008/02/15 １型糖尿病のupdate 連鎖不平衡解析による疾患関連遺伝子探索の現状と課題 パワーポイント バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007) 2007/11/22-23 ゲノムワイドアソシエーションスタディにおける、多仮…

2000-2004年度

2005-2007年度

こちら

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論理と計算のしくみ作者: 萩谷昌己,西崎真也出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2007/06/27メディア: 単行本購入: 14人 クリック: 442回この商品を含むブログ (36件) を見る論理は考え方とその記載規則 計算機計算は、ヒトが論理を遂行する行為の代行 論理は…

教科書は東大教養囲碁講座―ゼロからわかりやすく (光文社新書)作者: 石倉昇,梅沢由香里,黒瀧正憲,兵頭俊夫出版社/メーカー: 光文社発売日: 2007/07/01メディア: 新書購入: 9人 クリック: 79回この商品を含むブログ (26件) を見る幼い頃、父親が碁石と碁盤を…

教科書球面上の代数的組合せ理論 (シュプリンガー現代数学シリーズ)作者: 坂内英一,坂内悦子出版社/メーカー: シュプリンガー・フェアラーク東京発売日: 1999/09メディア: 単行本 クリック: 17回この商品を含むブログ (2件) を見る巻末に付録AとBとがある。 …

マルチプルテスティング補正において頑健な手法としてパーミュテーションテストがある。GWAにおいても形質のラベルシャッフリングの全順列を調べ上げる方法と、全順列は多すぎるので、モンテカルロ・シミュレーションにより、順列を抽出チェックすることで、…

Fについてはこちら。 ジェノタイプ頻度とFの関係については、こちら。 SNPがある。アレル頻度をとする。３ジェノタイプの頻度をとする。 なる関係にあり、 である。 あるアレル頻度において、はのときに最大で１となり、HWEを満足するときに0となり、のとき…

２ｘ３のSNPジェノタイプ分割表を観測し、そこから、アレルについての２ｘ２分割表を作成し、その２ｘ２分割表についてケース・コントロールの独立性検定をするということはどういうことか。 ２ｘ２の分割表の周辺度数を満足する場合をすべて考慮するという…

今、全部で人いるとする。染色体ハプロイドはセットある。１つの２アレル型SNPについて着目すると、２種類のアレル数はを満足する。他方、２アレルが作る３ジェノタイプの人数はを満足する。 この分配方式を一般的に定義しなおすと次のようになる。 N個の観…