統計

超基礎の次に大事なこと:調べものをする-2:データ処理初めの1歩(50分)

「これ、ロジスティック回帰やっといて」と言われたら Google(R ロジスティック回帰)

プログラミングをする:データ処理初めの1歩(50分)

手軽にウェブで、無料で

超基礎の次に大事なこと:調べものをする:データ処理初めの1歩(50分)

データを取ったら図を描こう 図を描きたいけれど、どう描いたらわからない 画像検索を使う Google(R graphics)

補助資料:ファイルの読み込み:データ処理初めの1歩(50分)

コンピュータ上のどこで作業しているか(ワーキング・ディレクトリ)について ワーキング・ディレクトリに置いたファイルの読み込み

データ処理初めの1歩(50分)

大学1回生に50分でデータ処理の「実務」を教えるとき コンテンツ 記録(スプレッドシート) {0,1} 連続値 Rへの読み込み・取り込み 集計・記述統計 視覚化 検定 記録(スプレッドシート、エクセル) ファイル(アクセスしてダウンロード) テキスト形式で保存しよ…

記法

統計 統計の記法(Wikiページ) そのリンク先:Earliest Uses of Symbols in Probability and Statistics 数学 Mathematical Notation(Wiki) 数式の一般的な記法(Wiki) 数学記号の表(Wiki) 文章にして書く 統計関係の小文集 基幹的英単語集

ぱらぱらめくる『Measurement in Medicine』

Measurement in Medicine: A Practical Guide (Practical Guides to Biostatistics and Epidemiology)作者: Henrica C. W. de Vet,Caroline B. Terwee,Lidwine B. Mokkink,Dirk L. Knol出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2011/08/11メディ…

ぱらぱらめくる『世界を変えた手紙 パスカル、フェルマーとの誕生』

世界を変えた手紙――パスカル、フェルマーと〈確率〉の誕生作者: キース・デブリン,原啓介出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2010/10/28メディア: 単行本購入: 4人 クリック: 13回この商品を含むブログ (8件) を見る 1 1654年8月24日、月曜日 「未完…

駆け足で読む『Lectures on Algebraic Statistics』再び 2. Likelihood Inference

目次はこちら 放物線などが出てくる これと重なる・つながる

駆け足で読む『Lectures on Algebraic Statistics』再び2 1. Markov Bases(3)

目次はこちら こちらでマルコフ基底の話が出た ここでは、Hierarchical modelsでのマルコフ基底について 複体(Simplicial complex)(こちら) 複体が登場するのは、因子の関係を任意に行いつつ、因子間関係が独立な場合に、確率の積で取り扱うために便利だから…

駆け足で読む『Lectures on Algebraic Statistics』再び2 1. Markov Bases(2)

目次はこちら こちらでm次元分割表の正確確率検定の話、そして、そのp値計算のために、与えられた周辺度数を満足するテーブルの集合があった そして、その集合を動き回るための基底としてのマルコフ基底が登場した ここで、「テーブル集合」はマルコフ基底に…

駆け足で読む『Lectures on Algebraic Statistics』再び2 1. Markov Bases

目次はこちら こちらやこちらも参考 独立な分割表の確率行列のランクは1 Nr<-sample(2:10,1) Nc<-sample(2:10,1) library(MCMCpack) Pr<-rdirichlet(1,rep(1,Nr)) Pc<-rdirichlet(1,rep(1,Nc)) Pmat<-t(Pr) %*% Pc Pmat qr(Pmat)$rank m次元分割表の正確確…

駆け足で読む『Lectures on Algebraic Statistics』再び

Lectures on Algebraic Statistics (Oberwolfach Seminars)作者: Mathias Drton,Bernd Sturmfels,Seth Sullivant出版社/メーカー: Birkhauser Basel発売日: 2008/12/10メディア: ペーパーバック クリック: 18回この商品を含むブログ (2件) を見る 駆け足で読…

京大医学部と記述統計と『蠅の帝国』

昨日は中学生に定量的に判断するゼミ(こちら)をした。 今日は、こんな本を読んでいる。 蝿の帝国―軍医たちの黙示録作者: 帚木蓬生出版社/メーカー: 新潮社発売日: 2011/07メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 7回この商品を含むブログ (13件) を見る 軍医か…

医学部での確率と尤度の周辺

思いつくままに、挙げてみる(そして、「確率・尤度・統計・推測」という縦軸で『カリキュラムを再構成』するとしたら、どうなるかを考える カリキュラムの組み方の難しさはすでに年来の課題 たとえば、以下の2択 基礎(解剖・生理・生化・薬理・病理)→臨床 …

やりたいこと(検定)の確認の仕方

やりたいことを一言で言うと ○○であると言いたい ○○であるとは信じがたいと言いたい ○○の値は××であると言いたい ○○の値は××から××であるだろうと言いたい ○と×とを比べたら、○の方がもっともらしいと言いたい 何が言えるかわからないけれど、何か言えること…

駆け足で読む『Chapter 43 Forensics in Handbook of Statistical Genetics』

43章 Handbook of Statistical Genetics作者: David J. Balding,Martin Bishop,Chris Cannings出版社/メーカー: Wiley-Interscience発売日: 2007/10/01メディア: ハードカバー クリック: 16回この商品を含むブログ (5件) を見る イントロダクション DNA配列…

Factorial factorial design

Wikipediaの記事

駆け足で読む『統計学を拓いた異才たち』

日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出版社/メーカー: 日本経済新聞社発売日: 2006/03/20メディア: 単行本購入: 28人 クリック: 366回この商品を含…

統計学総論

生い立ちを知ることも大事 以下、まだ読んでいないので、コメントは外れているかもしれないけれども・・・ 日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出…

JavaScriptで統計計算

級内相関係数についての調べものをしていたら、 こんなサイトがありました。 html文書のソースを開くと式もわかります。

GWA解析概論レビュー

A tutorial on statistical methods for population association studies. Nature Reviews Genetics 7 781-791 (2007) by David J. Balding Natuer reviews genetics リンク The Future of Genetic Studies of Complex Human Diseases. Science 273 1516-151…

Crit. Careの統計手法レビュー第1−14回

Statistics review 1: Presenting and summarising data Statistics review 2: Samples and populations Statistics review 3: Hypothesis testing and P values Statistics review 4: Sample size calculations Statistics review 5: Comparison of means S…

r^2とピアソン検定量

染色体本数がnであるとき、はハプロタイプ観測数の2x2分割表における、ピアソンの独立性検定統計量に一致するのだが、これについての引用文献が見つからずにいたが、こんなところにあった。 Nat Rev Genet. 2006 Oct;7(10):781-91.Click here to read Links …

離散的統計量のハンドリング

統計量Sがある。この統計量は、なる値のいずれかをとるような離散的なものとする。 たとえば、ある周辺度数を満足するような分割表には有限な場合しかなく、この周辺度数に対応するフィッシャーの正確確率Pはこのような統計量である。 Javaでこれをハンドリ…

exactP値の確率

ある分割表データがある。 その周辺度数がある。 その周辺度数からは、有限個パターンの分割表が作れる。 それらが与えるexactP値は有限個である(分割表の個数以下。異なる分割表から同一のexactP値が与えられることもあるので必ずしも一致しない)。 そのex…

正確確率検定では、P=1となる確率が高い

Fisherの正確確率検定においては、観測された分割表の周辺度数を満足するという条件の下に、とりうるすべての分割表について、その生起確率を求める。この確率が、観測された分割表のそれ以下であるような分割表について、生起確率を足し合わせたものが、P値…

Fisherの正確確率検定

nxm分割表の正確確率検定 先日、HWE検定の正確確率検定版について記載した(こちら)。ついでに、いわゆるFisherの正確確率検定のnxm分割表用のソースも載せる。 解説は、群馬大青木先生のこちらのページがよくわかる。 public static double Fishernxm2(int[]…

残差平方

Multiple correlation coefficientの記事はこちらであるが、この記事で (☆)を用いた この関係を式変形で示しておく 前提として、は、と書き表せて、このとき、は、と表したときに、が最小となるようなを最小自乗法で求めた解である。ただし、 式を、最小自…

Partial correlation coefficient関連ソース

Partial correlation coefficientの記事はこちら ソースは、昨日の記事に追加