管理ファイルの存在・非存在ループ 第１プロセスは管理ファイルを作成する。このファイルは、オリジナル検定セットが終了してから作成する。このファイルが非存在の間は、空ループを回し、k-1プロセスは先へ進まない String dir="hogedir"; String regulatio…

参考にしたのは、こちらの記事 javaの１プロセスの中に複数のスレッドを立てたりして制御するには、こんな処理ももちろんあるわけだけれども、今は、複数のノードでの制御なので、Javaの外に制御用存在を置く 想定実行条件 （１）今、kxN回のパーミュテーシ…

パーミュテーションテスト 処理構成 オリジナル検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの結果とオリジナル検定セットのそれとを比較して、集計 並列化 処理の単位は、検定セットの実行 検定…

大きな処理があるとする。ほぼ同一な処理の繰り返しであるとする。それぞれの繰り返し処理単位は小さな出力を持つ。それぞれの繰り返し処理は、並列して行われる処理と、自身の処理との出力を単純に照合することで、継続するか否かの判断ができるとする。こ…

エクセルでトーマスプロット

おさらい、というほどの基礎知識もないけれど。 こちらを駆け足で

本ブログは開設(2005年春)以来、本日を含め、432日分になった。思いつくままに書き、書いたときに思い立った場合にのみ、ブログ内リンクを張ってきた。 本ブログは、本年度に一度、内容のエクスポート・インポートに失敗し、文書体裁・内容に重大な被害が生…

本ブログは、遺伝学・遺伝統計学に関する個人的なメモ。書いてあることには責任を持ち得ないものとして書いている。 こちらのWikiは、おおよそ、ブログの内容と重なりながら、それよりは内容に責任をもち、また、構成もある程度、維持し、探索しやすいことを…

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SNPは３ジェノタイプ、CNPはNg=３以上のジェノタイプがある SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す ジェノタイプを順序なしカテゴリとする (1)２ｘ３分割表のカイ自乗検定・・・対応検定２ｘNg分割表カイ自乗検定 (2)その正確確率検定・・・その正確確…

公開アプリケーションはこちら SNPは３ジェノタイプ この３ジェノタイプは、それぞれがどんなリスクを持っているか、知れたものではない、という意味では、相互に順序できない３カテゴリともみなせる この３ジェノタイプは、２アリルのうちの片方に着目する…

傾向性の検定とは、カテゴリに順序をつけて、それに重み付けをし、その付与した重み付けの具合と一致しているかどうかと、すべてのカテゴリが平等であるかどうかと比較して、検定するものである フェノタイプ数が２の場合 SNPケース・コントロール関連解析に…

ひとつの分割表から関連についての情報はさまざまなとりかたがある 『どんな関連』について調べたいかによる『いろいろ』 あるひとつの『どんな関連』についても複数の検定結果が得られる、という意味でも『いろいろ』 フェノタイプ数Np、ジェノタイプ数Ngの…

すべてをばらばらに見る独立性検定 ジェノタイプに順序を想定することなく、フェノタイプにも順序を想定しない場合に行う検定 SNPの場合のヘテロのジェノタイプの疾患リスクがホモのジェノタイプのいずれよりもリスクが高い場合も、ヘテロのリスクがホモのリ…

ツールへのリンク 入出力フィールドは７個 実行ボタンは５個 入力フィールド６個 カテゴリカルデータの分割表に関する入力(３フィールド) No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数 No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数…