ディプロタイプとして、同居したハプロタイプ２本のヘテロ座位の間に組み換えが発生しうる。 組み換えは、遺伝的距離(物理的距離と組み換え率)が定める。 ディプロタイプとして、異なるハプロタイプ２本が同居するかどうかをHWDが定める。

先日、２ｘ３分割表の特異値分解的見方についてメモした(こちら) HWEテストについてもその目で見てみる。 アレル数nのとき、nxnの正方行列をなし、縦・横の周辺度数は同一のベクトルとなる。 このような正方行列の特異値分解では、ホモだけが存在するような…

HWEの正確検定についてこんな記事(こちら)を書いた。そこでは、N人についての観測を、Nx2分割表として正確確率を計算することを述べた。 このNx2分割表についてのカイ自乗統計量がどのようにHWE検定のカイ自乗統計量と関係しているかを考える。 アレル１アレ…

SNPジェノタイプのケースコントロール２ｘ３分割表を考える。 AAABBBsum caseg10g11g12P_1 caseg20g21g22P_2 ではとはどういう関係かというと、この式変形をすることでなる関係を満たしている場合であることが得られ、これは、なるが存在するときのことであ…

論文はこちら この論文が比較しているのは、多数のSNPのジェノタイプ観測によるケース・コントロール独立性検定をアレル本数比較について、帰無仮説の棄却確率に比較して、妥当かどうかで比較している。 （１）２ｘ２表カイ自乗検定をする場合 （２）HWE検定…