Hardy-Weinberg平衡

Hardy-Weinberg不平衡と連鎖不平衡の混合状態の捕捉

ディプロタイプとして、同居したハプロタイプ2本のヘテロ座位の間に組み換えが発生しうる。 組み換えは、遺伝的距離(物理的距離と組み換え率)が定める。 ディプロタイプとして、異なるハプロタイプ2本が同居するかどうかをHWDが定める。

特異値分解

先日、2x3分割表の特異値分解的見方についてメモした(こちら) HWEテストについてもその目で見てみる。 アレル数nのとき、nxnの正方行列をなし、縦・横の周辺度数は同一のベクトルとなる。 このような正方行列の特異値分解では、ホモだけが存在するような…

カイ自乗検定と正確検定について

HWEの正確検定についてこんな記事(こちら)を書いた。そこでは、N人についての観測を、Nx2分割表として正確確率を計算することを述べた。 このNx2分割表についてのカイ自乗統計量がどのようにHWE検定のカイ自乗統計量と関係しているかを考える。 アレル1アレ…

SNPデータ解析の場合のトレンドテストとHWEの関係覚書

SNPジェノタイプのケースコントロール2x3分割表を考える。 AAABBBsum caseg10g11g12P_1 caseg20g21g22P_2 ではとはどういう関係かというと、この式変形をすることでなる関係を満たしている場合であることが得られ、これは、なるが存在するときのことであ…

Hardy-Weinberg平衡検定での足きりの不適切性をトレンドテストの精度とともに検討した論文

論文はこちら この論文が比較しているのは、多数のSNPのジェノタイプ観測によるケース・コントロール独立性検定をアレル本数比較について、帰無仮説の棄却確率に比較して、妥当かどうかで比較している。 (1)2x2表カイ自乗検定をする場合 (2)HWE検定…