メタアナリシスは複数のスタディの結果を統合する手法です。統合して、帰無仮説が棄却されるかどうかの判断と、採択するとして、「効果の大きさ」の推定値とその信頼区間を算出します。 ２つの２ｘ２表でその基本的な雰囲気を感じてみます。 まず、２個のス…

こちらも #まず、pの小さめなデータを作る Niter<-1000 library(Rassoc) st<-rep(0,Niter) p<-rep(0,Niter) for(i in 1:Niter){ af<-runif(1)*0.6+0.2 delta<-rnorm(1) af1<-af+af*0.05*delta af2<-af-af*0.05*delta case<-sample(c(0,1,2),1000,c(af1^2,2*a…

パッケージ bnlearn のホームページとCRAN ベイジアンネットワークの概要 データがある 要素をAcyclic directed graph状にして、一番よい形を見つけ、その形の辺に適当な値を見出す bnlearnでなぞる データはdata.frame。こんな風にして、関係のあるデータを…

TablePlot(N=100,M=100,r=0.7)TablePlot<-function(N=2,M=2,Ns=1000,r=0.5,k1=10,k2=10){ first<-sample(1:N,Ns,prob=rep(k1,N),replace=TRUE) second<-sample(1:M,Ns,prob=rep(k2,M),replace=TRUE) Nr<-Ns*r first[1:Nr]<-sort(first[1:Nr]) second[1:Nr]<-…

２つの軸がある ２カテゴリ ３以上カテゴリ・順序なし ３以上カテゴリ・順序あり 量的・順序あり ２カテゴリ ピアソン ピアソン 傾向性検定 線形回帰・順位和 ３以上カテゴリ・順序なし - ピアソン Kruskal-Wallis Kruskal-Wallis ３以上カテゴリ・順序あり …

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罹患同胞対を用いた遺伝因子解析では、ノンパラメトリック連鎖解析手法が用いられます ノンパラメトリック連鎖解析とは、パラメトリック連鎖解析との対比での呼称です パラメトリック連鎖解析では、遺伝形式(優性・劣性など)や浸透率などを変数として与えた…

家系図を個人とその親子関係のグラフとする 辺の数は、伝達の数。これをとする 伝達に関して、それが、父由来か母由来かを表すとすると、長さnのベクトルで、値は0か1かで表せる の場合はこんな感じ(の行列 TreeVector<-function(n=4){ N<-2^n mat<-matrix(0…

２座位(M1,M2)間の組み換え割合をとする これは、この２座位間で組み換えが起きる確率がで、起きない確率がということ 最大値は、独立(染色体が違うとか)の場合で、0.5。 最小値は0。 この２座位の間に第３の座位Gを置く M1-G間とM2-G間の組み換え割合をとす…

パラメトリック連鎖解析では、染色体の家系内での受け渡しと組み換えとのパターンをすべて数え上げます。 そして、表現型の情報と遺伝子型の情報を利用して、どの染色体のどの位置に原因因子が存在しているという仮説がもっともらしいかを調べます。 そして…