2010-03-01から1ヶ月間の記事一覧

メタアナリシスの等高線

メタアナリシスは複数のスタディの結果を統合する手法です。統合して、帰無仮説が棄却されるかどうかの判断と、採択するとして、「効果の大きさ」の推定値とその信頼区間を算出します。 2つの2x2表でその基本的な雰囲気を感じてみます。 まず、2個のス…

メタアナリシスを2次元プロットで表現する

RでFDR(BH法)

R FDR

こちらも #まず、pの小さめなデータを作る Niter<-1000 library(Rassoc) st<-rep(0,Niter) p<-rep(0,Niter) for(i in 1:Niter){ af<-runif(1)*0.6+0.2 delta<-rnorm(1) af1<-af+af*0.05*delta af2<-af-af*0.05*delta case<-sample(c(0,1,2),1000,c(af1^2,2*a…

bnlearnでベイジアンネットワーク

パッケージ bnlearn のホームページとCRAN ベイジアンネットワークの概要 データがある 要素をAcyclic directed graph状にして、一番よい形を見つけ、その形の辺に適当な値を見出す bnlearnでなぞる データはdata.frame。こんな風にして、関係のあるデータを…

Rのbnlearnパッケージでベイジアンネットワーク

分割表を図示

TablePlot(N=100,M=100,r=0.7)TablePlot<-function(N=2,M=2,Ns=1000,r=0.5,k1=10,k2=10){ first<-sample(1:N,Ns,prob=rep(k1,N),replace=TRUE) second<-sample(1:M,Ns,prob=rep(k2,M),replace=TRUE) Nr<-Ns*r first[1:Nr]<-sort(first[1:Nr]) second[1:Nr]<-…

分割表を図表現する

較べる

2つの軸がある 2カテゴリ 3以上カテゴリ・順序なし 3以上カテゴリ・順序あり 量的・順序あり 2カテゴリ ピアソン ピアソン 傾向性検定 線形回帰・順位和 3以上カテゴリ・順序なし - ピアソン Kruskal-Wallis Kruskal-Wallis 3以上カテゴリ・順序あり …

2軸の比較色々

Practical Regression and Anova using R

PDFへのリンク(200ページ超)

罹患同胞対解析のIBDのずれ

罹患同胞対を用いた遺伝因子解析では、ノンパラメトリック連鎖解析手法が用いられます ノンパラメトリック連鎖解析とは、パラメトリック連鎖解析との対比での呼称です パラメトリック連鎖解析では、遺伝形式(優性・劣性など)や浸透率などを変数として与えた…

Rで連鎖解析の基礎をなぞる

家系図を個人とその親子関係のグラフとする 辺の数は、伝達の数。これをとする 伝達に関して、それが、父由来か母由来かを表すとすると、長さnのベクトルで、値は0か1かで表せる の場合はこんな感じ(の行列 TreeVector<-function(n=4){ N<-2^n mat<-matrix(0…

Rで連鎖解析の基礎をなぞる

組み換え割合を対称的にパラメタ化する

2座位(M1,M2)間の組み換え割合をとする これは、この2座位間で組み換えが起きる確率がで、起きない確率がということ 最大値は、独立(染色体が違うとか)の場合で、0.5。 最小値は0。 この2座位の間に第3の座位Gを置く M1-G間とM2-G間の組み換え割合をとす…

組み換え割合のパラメタ化

ごくごく短く連鎖解析を説明する

パラメトリック連鎖解析では、染色体の家系内での受け渡しと組み換えとのパターンをすべて数え上げます。 そして、表現型の情報と遺伝子型の情報を利用して、どの染色体のどの位置に原因因子が存在しているという仮説がもっともらしいかを調べます。 そして…