ANOVA

Repeated Measures ANOVA (3)

今、検出したいのは、個人のばらばらを考慮した上で、groupごとに時間経過での違いがあること(Withinのgroup:time項が有意であること) > demo3 <- read.csv("http://www.ats.ucla.edu/stat/data/demo3.csv") > ## Convert variables to factor > demo3 <- wi…

Repeated Measures ANOVA (2)

Strataでまとめること 前の記事で個人をグループに振り分けて3時刻で測定するという例を扱った。このとき、個人の特性がばらつきをもたらすことを前提に解析していた それを個人と言うStrataでまとめる、と言っている 再度、出力を見直してみる Error: idと…

Repeated Measures ANOVA

リンクを集めているページ(こちら) まずはここ(UCLA)のサイトに行ってみよう 例1 demo1 <- read.csv("http://www.ats.ucla.edu/stat/data/demo1.csv") ## Convert variables to factor demo1 <- within(demo1, { group <- factor(group) time <- factor(tim…

Repeated Measures ANOVA (4)

初期値依存のとき 時系列で記録する。グループ別に記録する。ただし、時刻0での値は、ある状態を反映しているので、それを織り込むことが妥当だとする 以下で解析しているのは、次に示すグラフ(左は2群を併せたもの、中央と右が群別の経過)のうち上の方の区…

メモ

上の記事でF分布についてメモした 少しANOVAを。こちらも参考 n.iter <- 1000 ret <- rep(0,n.iter) n.g <- 2 n.s <- 200 for(i in 1:n.iter){ X <- rnorm(n.s) P <- sample(1:n.g,n.s,replace=TRUE) s1 <- which(P==1) s2 <- which(P==2) ret[i] <- t.test(…

t検定

こちらでt.test()の中のハンドリングのことが話題になっていた 2次データ(各標本の値がわかっているわけでなくて、検体数・平均・(不偏)分散など)だけを用いて検定とも比較していた。ちなみに1次データは「各標本の値が全部わかっているデータ」 等分…

分散の偏り

遊び 2x2分割表がある カイ二乗統計量を計算することが多い 群内分散と群間分散とも計算してその比をとったりしてみよう n.iter <- 1000 chis <- ss <- ss2 <- rep(0,n.iter) v <- sample(100:500,4) m <- matrix(v,2,2) a <- apply(m,1,sum) b <- apply(m,2…

傾向性の検定

Rの傾向性の検定関数prop.trend.test()を見てみよう 以下に示すように、xというベクトルとnというベクトルとscoreというカテゴリの「値ベクトル」が入力 いわゆる分割表的に言えば、x,n-xがケースとコントロールのベクトルで、nはケース・コントロールの和の…

Additive Main Effects and Multiplicative Interaction Models

Association schemes -> 実験計画法 -> Rで実験計画法 -> agricolae パッケージ ときて、AMMI解析に出会う AMMIの論文はこちら 環境の違うところで実験をして、着目因子が、特性値にどのような影響力があるかをANOVAの枠組みで解析しようという手法

Rで実験計画法

R記事:"CRAN Task View: Design of Experiments (DoE) & Analysis of Experimental Dat"

実験計画法メモ2

1元配置 # 1元配置 Ng<-5 Ns<-sample(5:10,Ng,replace=TRUE) Fs<-c() for(i in 1:Ng){ Fs<-c(Fs,rep(i,Ns[i])) } Vs<-rnorm(sum(Ns)) D<-cbind(Fs,Vs) print(D) plot(Vs ~ Fs) myfit <- lm(Vs ~ Fs) anova(myfit) 2元配置 各水準の繰返し数によって「分散の…

実験計画法メモ

実験計画法入門byNAG フィッシャーによる実験計画法 実験計画法では研究を2つに分ける 計画性を持ってデータを集まる段階 集めたデータを解析する段階 実験計画立案時のポイント 目的の確認(目的を表す数値である『特性値』を定める) 因子の選定(因子として…

Practical Regression and Anova using R

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検定各論

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…