Glass networkとは(こちら) 遺伝子制御ネットワークやニューラルネットワークは「スイッチをオン・オフ」するネットワークとみなせる(免疫系も)(神経の場合は、個々の細胞の活動電位がオンかオフか、遺伝子制御の場合は、発現がオンかオフか、免疫系の場合は…

代数多様体っていうのはカオス理論で言うところのアトラクタ(参考)みたいなものらしい(こちら) アトラクタの上で決定論的な動きを考えれば、ベクトル場を想定すればよい アトラクタの上で確率的な動きを考えれば、基本的には１歩ずつの酔歩の合成で考えれば…

Wasserstein metricは分布の差異を表す指標(Wikiの記事) 1st Mallows and Wasserstein distancesとしてEarth Mover's distance(EMD)がある(Wikiの記事) EMDの計算はRでは、emdistパッケージ EMDはTransportation problem(Wiki記事)を解くことで求められると…

『数学ガール(ガロア理論)』に出る、気になる表現を拾う 確率過程を見ている(こちら) 生物の時系列変化と確率過程 生物多様性とは、「静的」に多様、ということではなくて、時系列上で多様 多様であるとき、「どういう空間」で多様なのか、というと、非常に…

ある朝、目が覚めたら、芋虫、と言えば、カフカの変身 突然にフェーズが変わって、何かしらのことが起きることは、生物界ではよくあること それを病気に当てはめて考えると、「プロセスは淡々と進んでいるけれど、見ため(表現型)は突然変わって見える」こと…