メタボローム

GC-MSのアラインメント

論文 Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets GC-MSは2次元データ。その実験を複数やると、シグナルピークの出現位置に実験間のずれが出るので、結果の比較…

波形

GC-MSなどでメタボロームデータを取ることがある(こちら) ピークが指し示す物質を同定し、その定量をすることが主な目的である 別の目的はなんだろう 特に疫学的な見地からでは 波形を比べて、そこに差があるのかどうか、その差が説明変数と関係があるのか …

メモ

日本語の総説「メタボロミクスとメタボノミクス」(こちら) ガスクロマトグラフィー・マススペクトロメとリーでメタボローム(こちら) Bioconductor に TargetSearchというパッケージがあるらしい こちら Bioconductorからのインストール:こちらを参照 Target…

PLS Partial Least Squares/Projection to Latent Structuresの整理記事

2011/08/12,2011/08/13の記事に書き直したので、そちらの方がわかりやすいです。

PLS Partial Least Squares/Projection to Latent Structures

chemometrics(計量化学)という分野があるという(日本語版Wiki、英語版Wiki) 『大量のデータに対し、次元の圧縮・視覚化・回帰・判別・分類などを行うことによって、より構造的に理解しやすい形に加工し、実験結果の解釈に重要な情報を提供することを目的とす…

ガスクロマトグラフィー・マススペクトロメトリーでメタボローム

物質・分子を分離・精製する方法にクロマトグラフィーがある その一つがガスクロマトグラフィー 絵付きの説明などはこちら 揮発性物質の分離・精製をする 適用範囲が広い 微量成分を一度にできる 観測するもの 「保持時間(Retention Time: RT)」 そのピーク…