KEGGはこちら 分子パスウェイが公開されている ヒトのT細胞受容体のパスウェイの図はこちら(データベースリンクト) テキストで情報を使うなら、こちらから該当ファイルを取得 グラフ関連公開アプリケーション(こちらとこちら)に使わせていただいているVGJに…

記事はこちら

4.1 アレル関連(Allelic association)の定義 ある多型のある１つのアレルと別の多型のある１つの多型とに与えられた関係である ある染色体上のある遺伝子多型がn種類のアレルa1,a2,...,anを持ち、同じ染色体上の別の多型がm種類のアレルb1,b2,...,bmを持つと…

記事はこちら

記事はこちら

教科書 Statistics in Human Genetics (Applications of Statistics S.) 作者: Pak Sham 出版社/メーカー: Edward Arnold 発売日: 1997/11 メディア: ペーパーバック 目次 １ はじめに(1 Introduction) ２ 分離 メンデルの法則 Hardy-Weinberg平衡(2 The Ana…

MPIライブラリを用いたプログラムのコンパイルコマンド リンクはこちら hoge.c #include <stdio.h> #include <mpi.h>int main(int argc, char** argv) { int rank; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); printf("Hello, host%d!\n", rank); MPI_Fi</mpi.h></stdio.h>…

snowのクラスタ用関数を一通り使ってみよう(なぞるサイトはこちら(予定)) lamboot -vして、Rを立ち上げると、このあたりはうまく行った。 labboot -vしないでRを立ち上げ、MPIにspawnさせたら > scl <-makeCluster(10,"MPI") 要求されたパッケージ Rmpi をロ…

PCクラスタでLAMを起動して、R内から、複数のslavesにアクセスして、それぞれで乱数を用いた処理をする場合を考える。 ５個のslavesを発生させ、それぞれで、runif関数により、一様乱数を5つずつ発生させてみる > clusterApply(cl,c(5,5,5,5,5),runif) [[1]]…

まず、lamboot。15マシンをlambootする $ lamboot -v lamhostsLAM 7.1.2/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana Universityn-1<21042> ssi:boot:base:linear: booting n0 (localhost1) n-1<21042> ssi:boot:base:linear: booting n1 (localhost2) n-1<21042> ssi:boot:b…

起動、起動中ノードの確認、停止 "$ lamboot -v hostsfile", "$ lamnodes", "$ lamhalt"の３コマンド。以下、少し詳細。 このページを見ながら。 lamhostsファイルの作成。カレントディレクトリに２種類のテキストファイルを用意した "$ lamhosts2" localhos…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 集合と命題は同じ性質を持つ。同じ法則を満たす。この法則を代数としたものがブール代数 boolean algebra という。 ブール代数は分配かつ相補的な束 ブール代数の基本性質 交換律 分配律 同一律(零元 0 と単位元 1 の…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 第９章にて形式言語を扱った。文 statement は文字を連ねて書かれる。 文には基本的性質である真か偽か true or false があり、これを真理値 truth value という。 文は、真偽値を持つ副文 substatements を、結合子と…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 順序とは 順序 order は、普通の順序 usual order が備えた特徴を抽象化したものである 順序がある関係というのは、ある２つの要素があって、それらの間に上下関係が定まっていることを言う。これは次のようにまとめら…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 代数・演算については、第４章 ベクトルと行列の項で関連事項としてテンソルに触れたときにも述べたが、『演算規則について一貫性のあるもの』が代数系である。『演算』とは、引数をとって返り値を戻す作業。 n-項演算…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 階乗 n!、２項係数 binomial coefficient、順列 premutation、r-順列 r-permutation(permutation of the n objects taken r at a time)、重複順列、組み合わせ combination、r-組み合わせ r-combination、順序分割 ord…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 用語 有向グラフ directed graph (digraph)、弧 arc、始点 initial point、終点 terminal point、ループ loop、多重弧 parallel arc、出次数 outdegree、入次数 indegree、閉じた歩道 closed walk、全域歩道 spanning …

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら グラフ理論の駆け足については、別の教科書で書いてある(記事はこちら)ので、今回のシリーズでは、(第５章に同じく)プログラミングにつながる部分のみを中心にしたい 平面的グラフ(辺が交叉しないように平面的に描ける…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら グラフ理論の駆け足については、別の教科書で書いてある(記事はこちら)ので、今回のシリーズでは、プログラミングにつながる部分のみを中心にしたい グラフの基本用語 点 vertex、辺 edge、隣接する adjacent、多重グ…

『次元が違う』 次元とは。この世の中で、それ以外の何によっても代用できない基本性質のひとつひとつのこと。Wikipediaの記事がよい。 次元は、他のものによって代用できない基本性質だが、世の中の基本性質(根本)というものは、捉えたくて捉えきれない虹の…

テンソルのことを書いている。 Mathematicaの記事は良い。Metric tensor はこちら、Permutation tensor はこちら、クロネッカーのデルタはこちら 自分用のメモとして、ここにも自分なりのてすさびとして、書く。 テンソルはベクトル空間の関数である。 ベク…

若干、話しの方向を変える。 ベクトル空間中のベクトルの間には、(1) 距離 という関係と (2) 相互の作る角 という関係が重要である。あるベクトル空間を考え、そのベクトル空間のテンソルを張る外積空間とを考える。ベクトル空間を張る正規直交基底があり、…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら ベクトル vector と行列 matrix と集合 set データは添数付き集合の型に並べて扱われることが多い。添数付きデータ型は配列と呼ばれたり、１次元の配列と２次元、またはそれ以上の配列を区別して、ベクトル(１次元)、…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 関数 function 写像 mapping・変換 transform、とも。集合Aと集合Bとがあって、Aの各要素にBの唯一の要素を割り当てるときに、その割り当て全体を、AからBへの関数と呼ぶ。集合Aは定義域 domain, Bは値域 codomainと呼…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 関係 relation 集合の要素は順序関係なし。関係を扱う第２章では順序対 ordered pairs (a,b) を扱う。aは第１成分、bは第２成分 直積集合 product, cartesian product 集合Aと集合Bの要素が作るすべての順序対の集合を…

本駆け足シリーズの全体の目次はこちら 集合 set、要素 element、外延 extention、抽象 abstraction、空集合 empty set、AはBに含まれる(A is contaitned by B)()、BはAを含む(B contains A)()、真部分集合 proper subset () 集合演算 和 union、共通部分 in…

教科書は『離散数学〜コンピュータサイエンスの基礎数学』マグロウヒル大学演習 Seymour Lipschutz著 成嶋 弘監訳 オーム社 おすすめ度★★★★☆ 離散数学―コンピュータサイエンスの基礎数学 (マグロウヒル大学演習) 作者: Seymour Lipschutz, 成嶋弘 出版社/メ…

塩基配列はATGCの4文字。SNPなら01の2文字、SNPが作るハプロタイプも2文字、SNPが作るジェノタイプは3文字。 String DNAseq = "102332210";//A=0,T=1,G=2,C=3 String haplotype = "0010101010"; String genotype = "221001002"; それぞれ、n塩基サイトあると…