多変量解析の１手法にグラフを基にしたグラフィカルモデリングがある。 確率変数を頂点とするグラフ 確率変数同士は、独立であるか、条件付独立であるかによって、グラフ上での、つながり方が定められる 確率変数同士の関係を辺で表す グラフの辺には、無向…

Statistical Analysis and Data Mining Less is More: Sparse Graph Mining with Compact Matrix Decomposition 疎なグラフを表す大行列を、縦長な行列ｘ密な小行列ｘ横長な行列の積に近似することで、適切な正確さを保ったまま、速度と空間を節約する Harmo…

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convex rank test について昨日の記事で書いたが、このconvex rank test は、次のような概念を用いる。 とりうるすべての順列は、Sn-fanと呼ばれる扇(fan)構造になぞらえることができ、その考え方の枠組みの中で、convex rank test とは、このSn-fanの一部の…

PDF 順列(permutation)と、その関係を共通する半順序を用いて集合的に表すことについて 1,2,...,nなる、n個の自然数の並べ方(順列,permutation)は通り ある順列を次の３通りの表現で表す 例。３つの値のセット{11,7,13}。これは、第１の要素が２番目に小さく…

自然数を分割(Partition)する方法の総数 1, 1, 2, 5, 15, 52, 203, 877, 4140, 21147, 115975 関連記事はこちらも ベル数を計算するjava アプリケーションはこちら(commons-math.1.1.jarを必要とします) 使用法 java -jar BellNumber.jar 10 1から10までのベ…

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凸多面体の数学作者: G.M.ツィーグラー,G¨unter M. Ziegler,八森正泰,岡本吉央出版社/メーカー: シュプリンガーフェアラーク東京発売日: 2003/04メディア: 単行本 クリック: 8回この商品を含むブログ (5件) を見る の訳者の一人 八森先生のサイトへ

Biology by numbers: mathematical modelling in developmental biology Claire J. Tomlin & Jeffrey D. Axelrod p331 | doi:10.1038/nrg2098

Splicing in disease: disruption of the splicing code and the decoding machinery Guey-Shin Wang & Thomas A. Cooper p749 | doi:10.1038/nrg2164 Cis-acting splicing mutations: disruption of the splicing code Trans-acting mutations; disruption …

Selective sweep 有利な変異の起きたハプロタイプが集団中の頻度を上げるために、その有利変異周辺にある多型の間のAllelic associationには、そのような変異がない場合とは異なる特性が観測される そのような特性を検出する統計量がいくつかある Haplotype-…

GSEA(Gene set enrichment analysis) Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles Aravind Subramanian PNAS | October 25, 2005 | vol. 102 | no. 43 | 15545-15550 Its commentary Micro…

The American Journal of Human Genetics, Volume 81, Issue 6, 1278-1283, 1 December 2007 doi:10.1086/522374 その引用文献 GSEA(Gene set enrichment analysis) Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide…

脊椎動物配列比較 Nature Reviews Genetics 9, 303-313 (April 2008) | doi:10.1038/nrg2185,Approaches to comparative sequence analysis: towards a functional view of vertebrate genomes 卵細胞中のmRNAの翻訳開始調節のための配列 Nature Reviews Gen…

１つの２値従属変数について、２つの２値独立変数との独立性を検定する場合を考える。 ２つの独立変数について、個々のサンプルは{0,0},{0,1},{1,0},{1,1}の４通りの値セットを持つ。 今、この４値セットの間の関係を考える。Pearsonの相関係数も算出できる…

遺伝子多型を用いた疾患遺伝子解析では、データ解析系の人との意思疎通も大事だが、実験系の人々と、どのくらい考えを共有できるかは、かなり大きな問題である。強調するべき点がデータ解析系と実験系とではおのずと異なってくるはずだが、まだ、その間合い…

友人が、クイズを持ちこんできた。 k種類のおまけがあって、それは、すべての割合であたるが、どれがあたるか分からないという。 いったい、何回おまけをもらうと、k種類の全制覇ができるか、全制覇する確率が５０％を越えるのはいつごろか、というものだっ…

正確確率検定では、表の生起確率を「正確に計算」して、「正確に比較」することが重要なことを、以前、こちらにあるように述べた。 このとき、表を構成する、整数の順序に注意して計算し、比較すれば、よい、との趣旨でそれを実現する方法について述べたが、…

章立てを眺めてみるHandbook of Discrete and Computational Geometry, Second Edition (Discrete Mathematics and Its Applications)作者: Csaba D. Toth,Joseph O'Rourke,Jacob E. Goodman出版社/メーカー: Chapman and Hall/CRC発売日: 2004/04/13メディ…

級内相関係数についての調べものをしていたら、 こんなサイトがありました。 html文書のソースを開くと式もわかります。