ネットワーク
arxiv.org このペイパーでは Algebraic が：algebras, geometry, combinatorics を指し、それらを使う統計手法を扱う Networksは：３つの例を扱う。Relational models, Causal structure discovery, Phylogenetics Applications として：Statistical achieve…
論文 QUIAGENのアプリのサイト Ingenuity(創意工夫) Pathway Analysis ４タイプのネットワークアルゴリズムの総合処理(それぞれを簡単に後述) Upstream Regulator Analysis(URA) Mechanistic Network(MN) Downstream Effects Analysis(DEA) Causal Network A…
こちらでDEC(Discrete Exterior Calculus)をいじっている その冒頭で、グラフの隣接行列から、行列演算を繰り返すことで、グラフにあるp=1,2,3... 単体を列挙する話がある Rで書いてみる エッジ存在率を定めて発生させるランダムグラフがあったときに、単体…
因果関係の必要性と十分性 必要性の確率、十分性の確率、必要十分性の確率、無能化の確率、可能化の確率 原因の確率を推定するための条件と条件の違いにより得られる情報の違い
ランダム化していない介入 Intention to treatという考え方も 反事実確率との比較も必要→訴訟・鑑定 ギブス・サンプリングによる反事実確率と因果効果の推定
「反事実」というのは「仮定法過去『もし●●だったなら』」のようなもの まだ起きていないけれど仮定して、その結果がどうなるかを予測しましょうということ グラフではノードに値を割りつけて、そのノードへの移入エッジをなくすこと 複雑な系について日常的…
Simpson のパラドクス 男女別に有効性を計算すると男女の両方の群で「有効」となるのに、それらを合算すると、「全体では無効」となるようなデータがある 性別がサンプル数や有効性に影響している。そのように何がしかの影響のあるノードを取り去ったらいか…
構造方程式モデリング(SEM) グラフを用いた考え方との違い 識別可能性を問題にするかどうかという違い
意思(に基づく選択行動)と、結果として起きることの分離 条件付き行動、確率的政策 時間依存性行動、時間依存性交絡因子(time-dependent confounders)を伴う時間依存性治療
因果関係の仮説を立てる(DAGを作る) データを使って、「その仮説、どうなの？」という問に答える 因果効果の評価は、「こういう介入をしたらどうなる？」という問への答え(予測)も可能にする 逆に言うと、介入の効果は因果関係(のグラフ)が指定されないと測…
大きな枠組み：観察データから因果関係を見出したい、グラフ・ネットワークを用いて機械的計算で見出したい 観測される変数と観測されない変数とがノードとなったモデルを作る 「観察されない変数」をなんでも自由に決めて良ければ、観察を説明するモデルは…
この章を読むときに：日頃から因果推論ばかりをやっている(臨床医とか)にはとっつきにくい文章かもしれない。「因果モデル」を中心に頭が回っているから。その場合は、「確率・統計」の部分は復習するつもりで読み、「因果」の部分は眼を閉じておいて、先に…
統計的因果推論 -モデル・推論・推測-作者: Judea Pearl,黒木学出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2009/02/24メディア: 単行本購入: 6人 クリック: 231回この商品を含むブログ (28件) を見る 目次 第１章 確率、グラフ、因果モデル入門 第２章 因果関係を推…
こちらでgene go-expression network解析が紹介されていた(このスライドが一番わかりやすい) ネットワーク解析だ ノード間のエッジの重みにカットオフをかけて０，１にした上で、グラフのトポロジーを考えている 特徴的なグラフ、たとえば、複体グラフとかは…
Gephiというグラフ・ネットワーク用アプリを教えてもらった(こちら) Rのigraphパッケージからwrite.graph()関数を使ってgmlフォーマットで出力すれば乗せられる ５万ノード、50万エッジで描けるらしい 動的ネットワーク分析という用語もあるらしい グラフの…
ウンチクと、１−４章でふれられなかった大事な事柄 複雑系ネットワーク スケールフリーとか ランダムグラフとか スモールワールドのこととか Small intelligenceとか
生体内シグナル伝達にはいろいろ 非線形システム 固定点現象 頑健性 誤り訂正
精密機械としての生命体とその設計原理に関すること 特徴 分子を基本としてその物理化学的特性を用いる 分子の論理が使われている 生物分子の望ましい特徴（自己集合・自己組織化）が表現できる 基本要素をどうするか デザインの要件・仕様設定 リソース総量…
分子通信では、電気信号・光信号ではなく、生体分子に情報を担わせて通信する 担わせた分子の受け取り側では生化学反応がおきて、それを復号情報として取り出す 速度や伝達可能な情報には制約がある 生体分子通信によってしか伝達できない(しにくい)情報もあ…
至近要因(proximate factor)と究極要因(ultimate factor) 階層に分けて考える 脳による情報処理 脳機能のネットワーク 人工神経回路網(Artificial Neural Network) 教師アリ ローゼンブラット・パーセプトロン、多層パーセプトロン Radial-Basis Function サ…
生命と情報通信―情報通信技術に生命機能を吹き込む作者: 澤井秀文出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/11/01メディア: 単行本 クリック: 10回この商品を含むブログを見る 1 生命から情報通信(ICT)を捉えなおす 2 分子通信技術の研究動向〜バイオICT 3 人…
細胞生物学の基礎で、代謝経路のこと、そしてそれがネットワークをなしていること、その中で、反応の向きをアロステリック酵素等のスイッチ機構が役割を果たしていることを扱った(こちら) 複雑なネットワークで重要な役割を果たしているかどうかや、ネットワ…
こちらでタンパク質の変性をグラフで表してみている タンパク質の変性の可逆性、元に戻しやすいかどうかが、グラフが保有する情報で表せるのではないか、と考えている。 さて、遺伝子解析でこれをどう活かすか 遺伝子がネットワークを構築している ある状態…
線虫の遺伝子相互関係マップから、遺伝子ネットワークの制御に重要な役割を果たすハブ遺伝子の存在が示唆された。ヒトを含む、高等生物にもハブ遺伝子の存在は予想され、その中には進化的に保存されている模様。複数の遺伝子の関連をネットワーク上でまとめ…
KEGGはこちら 分子パスウェイが公開されている ヒトのT細胞受容体のパスウェイの図はこちら(データベースリンクト) テキストで情報を使うなら、こちらから該当ファイルを取得 グラフ関連公開アプリケーション(こちらとこちら)に使わせていただいているVGJに…
分子間結合力を応用した、ノード配置の最適化に関する記事(こちら) フックの法則(すべてのものはバネであり、位置で微分したものが力を与えるとき、その力がどんな形式であっても、極小付近ではフックの法則が成り立つ)についてはこちら さらに数式的解説は…
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