こちらで複合遺伝性疾患の家系図を描くソースを作った 今回は、単一遺伝子病のそれを作る 常染色体劣性・優性 Ｘ染色体劣性・優性 Ｙ染色体 ミトコンドリア trio行列は１行に１人 # 第１列は個人ID # 第２列は父親ID(0は情報なし) # 第３列は母親ID # 第４列…

ベイジアンネットワークは確率事象の関係をグラフにして、情報が与えられたときの事後確率を計算してくれる 家系図があるとき、一部個人のジェノタイプがわかっているとき、ほかの個人のジェノタイプを推定する作業をベイジアンネットワーク化することができ…

記号案内 library(kinship2) # 全員に通し番号 id <- 1:15 # 性別。１：男、２：女、３：不明、４：中絶 sex <- c(1,2,2,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2,3,4) # 名前を付ける lab <- id lab[which(sex==1)] <- paste(lab[which(sex==1)],"郎",sep="") lab[which(sex==2…

分離比解析に関連して家系データの作り方や家系図描図について書いた(昨日など そこで作った家系データをS.A.G.E.のsegregという分離比解析アプリにつなごうと思う 分離比解析のための基礎知識 分離比解析でやること 家系で0/1のフェノタイプ情報を集める(今…

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 昨日の記事でグラフの成長ルールで家系を作る話を『なんちゃって家系図』として書いた 遺伝リスクやリスクアレルの伝達も含めて、少しきちんと作ってみる 設定 家系データの作り方 家系図を以下の要…

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 結構面倒くさい グラフではなくて家系図的にすれば n.init <- 1 trio <- matrix(0,n.init,5) m <- length(trio[1,]) trio[1,1] <- 1 trio[1:n.init,4] <- sample(c(-1,1),n.init,replace=TRUE) trio[…

生き物の基本である親から子への伝達、過去から現在への伝達を、要素と要素間の関係の理論であるグラフで扱うことができる それをProject-based learning的に(こちら)やってみる試み(こちら)

家系図を描くのは、結構面倒くさい Rではkinship2というパッケージのpedigree()関数を使う test1 <- data.frame(id =c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14), mom =c(0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 4, 6, 2, 0, 0, 12, 13), dad =c(0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, …

こちらで扱っている遺伝的浮動はアレルの伝達関係に関して、その本数・比率に着目したものですが、アレルの伝達関係を経時的グラフにすると、コアレセントと呼ばれる方法で扱うことができます。アンセストラル・リコンビネーション・グラフとか(こちら) 分水…

家系図記号というのがある。だれがどこで統一指標を出しているのかと気になった。 日本人類遺伝学会のサイトには(すぐには)見当たらず、信州大学のサイトには、「アメリカ人類遺伝学会」が参照先として記載されていた(こんな感じ)。 アメリカ人類遺伝学会の…