２ｘ３表の周辺度数が取らせうるテーブルを２次元空間に配置する方法 総サンプル数Nに対する割合として、標準化する 群１（ケース）がp,群２（コントロール）がq=1-p ３ディプロタイプの頻度が、 とする 期待テーブルを原点とする 観測テーブル{{n11,n12,n13…

京大（医）ゲノム医学センター 疾患ゲノム疫学分野のツールが公開になってます。こちら

いくつかのツールが散在していて、使いにくい。 まとめる努力をすることにする。 Java でアプリケーションでもあり、かつ、ウェブサイトのアプレットでもあるようにしたい（なるべく、想定利用者（実験系の皆さん）が気楽に使えるように・・・）が、複雑にす…

スコアは対数尤度の一次微分、その期待値０ 分散は２次モーメント、または、対数尤度の二次微分、Fisher_information スコア検定の統計量はスコアをFisher_informationで除したものでカイ自乗分布に従う 変数が１つの場合と複数の場合 スコア検定は、場合に…

2xk表をいくつかのまとめ方で検定を繰り返すときの検定法についてのホームページ記事 そのPDF OMTTは、２アレル多型の作る３ディプロタイプについて、傾向性の検定を行うが、複数の切り口にするというよりは、切らずにグラデーションをつける感じ。 OMTTにつ…

Rのapply関数群は、いかにも、パラレル処理的な関数である。GPGPUで動かしてみたりできるかと思えば、もちろん、そんな情報はすでにウェブ上にあります。R+GPUはこちら

概説記事 ブログ１ ブログ２ ノートＰＣの選択 GPUのスペックについて CUDA向けC言語開発環境『CUDA2.0』

たくさんのリスク座位がある（すべての多型は機能差を持つ。そしてその機能差はリスクの軸に成分を持つ。ただし、ほとんどすべての座位はその成分が無視できるくらい小さいとする 各座位のアレルのリスクを（ただしは正負いずれの値もとるものとする）と片方…

個々のＳＮＰのアレル頻度は、0-1に均一にした上で、ハプロタイプ頻度をそれなりに出したい N<-1000 k<-10 c<-1 xxxx<-rdirichlet(N,rep(1,2^k)*1/(2^(k-c))) yyyy<-xxxx[,1:2^(k-c)] zzzz<-apply(yyyy,1,sum) hist(zzzz)

第75回京都生物統計セミナー(KBS京都) 対立仮説下でのみ存在する遺伝形式という局外母数を持つ２ｘ３分割表検定に関する考察〜SNPによるケース・コントロール関連検定〜 スライド・ツールなどはこちら International Workshop on Statistical-Mechanical Inf…