先週は日本リウマチ学会でした。学会のプレゼンスライド(論文の図)で、位置別ｐ値プロットをするのに、そのORの値の大小で色を付けている(ORp値は、「関連があることの保証の程度」 ORは、「関連の強度」ですので、異なる情報なので、異なる情報は異なるよう…

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『種牛がいて、その種牛は、1000頭もの雌と掛け合わせて、仔牛をとる(こういうところ:霜降り牛の連鎖解析をしています)のですが、そうすると、とれてくる数千頭の仔牛のある量的形質(たとえば、霜降り肉の程度とか）の分布は、その母たち(種牛を掛け合わせる…

粘菌関係のサイト、ただのメモ。

Gene regulatory network (GNR) The evolution of hierarchical gene regulatory networks. DH Erwin & EH Davidson nat reviews genetics 10:141-148 2009 Gene regulatory networks (GRNs)とは 発生は遺伝子の空間的(臓器・組織別)の遺伝子発現制御状態の…

文献：Long non-coding RNAs: insights into functions. TR Mercer et al. nat reviews genet 10:155-159 2009 "RNA world"という仮説 DNAに遺伝情報の伝達を担わせるより以前に、生物はRNAによって生き、遺伝情報を伝えていたとする仮説 情報保存はより安定…

クリークとは、グラフの一部(部分グラフ)であって、その部分グラフのすべてのノード間にエッジがあるようなもの これの探索には、1970年台に出たBron-Kerboschアルゴリズムというものが、現在も使われている。 Wikipedia 原論文 Bron-Kerboschアルゴリズムの…

発現解析に限定せず、グラフ可視化に転用しやすいとよいのだが・・・ すくなくともオープンソースで、Javaで、ネットワーク〜グラフで、可視化 こちら Javaソースをダウンロードして、解凍、その後、eclipseで適当な名称で、Javaプロジェクトを新規作成。プ…

東大医科研 高校生向け統計遺伝学 ゲノムと統計遺伝学 多重検定問題序論 確率的に考える コンピュータにわかるように説明する 参加高校生11名の感想。こう言ってもらえるとやりがいがあります・・・ 確率の話が面白かった。 実際に自分で体験することができ…