Rには固定周辺度数を引数に分割表を乱数発生する関数r2dtable()がある(こちら) Patefield's algorithmを用いる 地道にやるのとPatefield's でやるのとの違いはどれくらい？ ほとんど違わない Nr<-2 Nc<-2 M<-matrix(sample(1:100,Nr*Nc,replace=TRUE),Nr,Nc)…

この記事は、「ryamada22日記(この日記)」がよいのか「ryamada日記(こちら)」がよいのか、微妙な内容だが… 学部学生用「手習い」テーマ(リンク) ４回生マイコースプログラム レアバリアントの解析手法の理解とRによるプログラム実装 疾患診断・分類基準の数…

関連記事 日程 第１限 20110629 概論・参加者紹介・内容枠決め スライド(こちら) 第２限 20110706 第３限 20110713 第４限 20110720 第５限 20110727

『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次 2011/06/25実施 ２章の残り 遺伝的モデル 優性・劣性というモデル そのどちらとも言えないモデル 「中間型」の意味 簡単な「中間型」 平均 相加平均と相乗平均 本当の「中間型」 「ちょうど…

変異原性(Wikiはこちら) 生物の遺伝情報（DNAあるいは染色体）に変化をひき起こす作用 遺伝毒性と生殖毒性 変異原の作用により、遺伝情報に変化が起きると、そのせいで、個体の表現型が変わったり、生殖能力に影響が出たりする。そのような変化のうち、「不…

親から子へ伝達するときに変異が起きれば、親子のジェノタイプはメンデルの法則を守らない マイクロサテライトの変異に関してこちら

親族の基本構造作者: クロード・レヴィ=ストロース,福井和美出版社/メーカー: 青弓社発売日: 2001/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (20件) を見る この本は大部な本である 親族の構造とそれを群でとらえることについては、…

ラボローテーションという制度がある こちら 基礎医学研究者養成とリンクした制度 ６か月で「情報系医学」のなんたるかをとらえる？ ６か月で「遺伝統計学」「統計遺伝学」を理解する？ 医学の「（数理的）周辺領域」を開拓する姿勢を把握する？ さて。「遺…

研究テーマとは別に、学部生のために提供できることを３つに分ける 統計学の基礎事項の習得。よくある実験データの集計・理解をＲを使ってやってみる たとえば、実習データの処理（こちらとか） （こちらとか） プログラミングの基礎 関数を作ってみる（こち…

うまく分配できないときに「政治的決着」をはかるかもしれない 「政治的決着」のうち、数学的に説明ができる範囲とそうでない範囲を明らかにしてから、説明できない部分を「政治的」に決着しているだろうか。それとも、「本当は説明できる部分があるのに、わ…

Surrogate paradoxという話があるそうだ（こちら) 『不整脈がある。抗不整脈薬で治療をする。不整脈が抑えられる。ただし、ときとして、致死性不整脈が誘発されて、死亡率は上がる』というような文脈 抗不整脈薬Ｘが不整脈という中間形質Ｓを介して最終形質…

研究発表を拝聴しながら考えたこと 生存期間中央値(MST)のこと 生存期間中央値についてはこちら、とか 生存解析をしていて、介入の効果を１つのスカラー量で表すとき、生存時間の中央値を取り出して比較することはよくやられること 指数関数の尾が２つ並んで…

こちらで、重み付き割り付けのことをやっている 通りのうちの最適順列を求める話 特定の順列が最も都合がよいことを調べているときに、「それ以外のすべての場合」と比べたり、ある割り付けだけを固定して、それ以外の割り付けについてはすべての場合を合算…

2011/06/17実施 『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次 『「これ(X)とこれ(Y)」の関係を見たい』 X,Yはそれぞれ「カテゴリ」・「連続」でありうる 「カテゴリ」は「順序あり」・「順序なし」でありうる 「カテゴリ」は２個のときと…

GWASとは何か:こちらのイントロ GWASのプロセス 実験 実験データQC 単マーカー単位の関連評価 全マーカーの結果の分布評価 全マーカーの結果の分布評価に基づく補正 plinkチュートリアル(こちら)をなぞってみる(ただし、QC論としては、こちらとはニュアンス…

複合遺伝性疾患と分散 遺伝率に関するメモ 回帰と分散 標本分散、t-testと分散 分散・共分散行列 分布の再生成、分散の加法性

時系列解析をするときの相対値について少し考えてみる 「時点ごと」、「プローブごと」、「検体ごと」に、「発現量」データが得られる。 この「発現量」って何なんでしょう？ 今、「時点間」の比較と「プローブ間」の比較をしたいです。 「複数検体」を用い…

組合せ最適化 Assignment problem 力任せ探索

確率や尤度、事前確率などについて説明する機会があった お話し風 事前確率と事後確率について質問を受けた 尤度比の計算にあって、「事前確率」を考慮するためにどうするか、という設問がスタートだった 事前確率と事後確率の間にある「事」は「情報」をも…

捜し物記事(こちら)の続き また、この捜し物はN人の行方不明者、M人の身元不明者の特定問題(こちら)の続きでもある アルゴリズムを考える前に、問題を整理しよう 全人類の歴史全体を考える すべての個人はAncestral Recombination Graph(ARG)のノードとなっ…

講義前におさらい Genotype imputation for genome-wide association studies. J. Marchini and B. Howie Nature Reviews Genetics 11,499-511 (2010) 方法 IMPUTE v1:HMM IMPUTE v2:IMPUTE v1. + MCMC MACH:like-IMPUTE, parameters (Ne,:unfixed) fastPHAS…

確率論と私作者: 伊藤清出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2010/09/15メディア: 単行本購入: 4人 クリック: 65回この商品を含むブログ (15件) を見る I 忘れられない言葉 忘れられない言葉 「哲学とは宇宙の原理、原則を研究する学問なり」 数学の研究を始め…

昨日の続き 捜し物をしている 合致したものがいくつ見つかるかで場合分けする 0 1 2個以上 偽陽性を定義する 「見つかったけれど、その中に真の捜し物が含まれていない」ことを持って偽陽性とすることにする 試料数M M個の試料の中に真がある確率q M個の試料…

捜し物をしている 合致したものがいくつ見つかるかで場合分けする 0 1 2個以上 0個の場合 「見つからなくて残念」 結論は簡単 1個の場合 「見つかった」 問題はそれの「真偽」 2個の場合 「見つかった」 問題は、その中に「真」があるか否か、あるとしてどれ…

昨日の記事：あるセンターでの『「ある被検者」の検査』というのは、「被検者」のデータと、複数の試料のデータを比べて、一致するものがあるかどうかを調べるというものだという 複数の試料の中には、「被検者」の試料と同じものが含まれているかもしれない…

前記事のセンターで『「ある被検者」の検査』というのは、「被検者」のデータと、複数の試料のデータを比べて、一致するものがあるかどうかを調べるというものだという 複数の試料の中には、「被検者」の試料と同じものが含まれているかもしれないし、含まれ…

今、検査をしている検査センターがある 偽陽性率がpという 検査センターでは、検査を続けている このセンターで、N回の検査をしたとき、そのうち、１件でも偽陽性である確率は である このセンターでどんなに検査の精度をよくして(pを小さくして)も、Nが多く…