こちらやこちらで量子力学のことをメモしている。その続き ハミルトニアン、エネルギー保存の法則、運動量・位置座標、最小作用の法則、運動方程式 エネルギーは運動エネルギーと位置エネルギーの和 ハミルトニアンはエネルギーを表したものに相当 状態Xから…

こちらに確率密度分布で世の中を考える方法としての量子力学、という意味合いで、量子力学の基礎事項をメモした その少し具体化したメモ 調和振動子というのがある。ばねにつながれたおもりが、行ったり来たりするやつが古典力学版 運動エネルギーと、ばねの…

こちら Hereditary breast and ovarian cancer BRCA1 BRCA2 Li-Fraumeni syndrome TP53 Peutz-Jeghers syndeome STK11 Lynch syndrome MLH1 MSH2 MSH6 PMS2 Familial adenomatous polyposis APC MYH-associated polyposis;adenomas, multiple colorectal, FA…

PDF 臨床的に行われたゲノムワイドシークエンシングによって、二次的に・意図せずに見つかる遺伝的ファインディングズの取扱いについて これが書かれた時点(Genetics in Medicine (2014) 17, 68 11;69 )で知見が強いとみなしうる「56 genes」については、患…

2013にAmerican College of Medical Geneticsが出したNGSの臨床利用に関するガイドライン 遅まきながらメモ PDF 構成を書き出すだけでも一苦労ですが… 基本的には留意点の網羅的列挙となっており、実用にあたっては、遺伝学者・臨床家・臨床検査家が注意深く…

こちらで量子力学・行列力学・作用素環についてメモしている 自分のための量子力学としては、確率事象空間における離散性の扱いと量子力学との関係が大事 波動方程式という確率密度分布の時間変化情報 自由粒子というものがある。無限空間に「粒子」があり、…

雑多に広がる確率離散過程に関する話題提供のための構成メモ 主軸はゲノム・遺伝因子 遺伝因子をエピゲノム・トランスクリプトームと絡めるための、スイッチオンオフモデル その確率論的制御 どのようにしてそのような仕組みの歴史的構成が可能かについての…

スイッチのオンオフはスイッチ数pのとき、個の頂点を持つp次元単位格子上の状態推移として考えられる この酔歩にあって、ノードに存在確率の濃淡を作るには、あるノードには、流入しやすいけれど流出しにくい、ということを実現することが必要だ 何がそのよ…

昨日の記事や一昨日の記事に対数正規分布・ポアソン対数正規分布のことをメモした 常染色体上のSTRをPCR増幅をかませた実験によってピークシグナル型データを取得し、それに基づいてDNA型タイピングをするやり方がある そのデータについて、対数正規分布・ポ…

昨日、対数正規分布についてメモした その離散版。ポアソン対数正規分布 こちらのqRT-PCRとか、こちらの細菌検出とかで使われている ポアソン分布のパラメタが対数正規分布に従っているとして計算しているらしい poilogなるパッケージがあって、dpoilog(),rp…

対数正規分布は、supportが正の値をとる連続分布で、生命現象を含む自然現象に広くみられる分布(こちらのFacultyOf1000 Prime)にもあるように Rの対数正規分布に関する関数はdlnorm(),plnorm(),qlnorm(),rlnorm()の一式なのだが、ちょっと使いづらいかもしれ…

いくつかの論文をメモ。検索基準は"NGS","DNA identification","forensic" 子の親が一卵性双生児。どちらが父親？→Finding the needle in the haystack: Differentiating ‘‘identical’’ twins in paternity testing and forensics by ultra-deep next genera…

こちらで三角関数の級数表現について書いた 三角関数は、ある値が１個与えられたときに、それを無限に再帰的に使いまわす時系列データであるとわかった では「ある値が１個」与えられただけではなくて、そこに毎回、乱雑項が入るようにすれば、三角関数的ARI…

こちらで時系列データの扱いについて、だらだらと書いている(途中) filtering,convolution,累積和,ARIMAモデルのことが出てくるが、それについての細かいことを、arima()関数とarima.sim()関数とのコードを眺めるという視点で確認する いじった結果をshinyア…

Churchill: an ultra-fast, deterministic, highly scalable and balanced parallelization strategy for the discovery of human genetic variation in clinical and population-scale genomics Churchill(こちら)は、並列化処理に関して重点開発した、リー…

こちらを、ただ写させていただく。すみません。 library(survival) library(FAdist) sfs =survfit(Surv(time, cens)~treat,data=gehan) srs =survreg(Surv(time, cens) ~ treat, dist="exponential", data = gehan) srs_r =survreg(Surv(time, cens) ~ treat…

こちらでDEC(Discrete Exterior Calculus)をいじっている その冒頭で、グラフの隣接行列から、行列演算を繰り返すことで、グラフにあるp=1,2,3... 単体を列挙する話がある Rで書いてみる エッジ存在率を定めて発生させるランダムグラフがあったときに、単体…

Rmdファイルと、中から参照するshinyアプリの文書 Rmdファイルと連携しているshinyアプリはこちら Rmdファイルからhtmlファイルやepubファイルを自作する方法はこちら htmlファイルはこちらにlogin as a guestして"handout"をクリック Kindle --- title: "po…