> x <- c(9,9:1) > y <- c(1,1,3:1,1:4,3) > z <-c(2,1:9) > mat<-matrix(c(x,y,z),nrow=length(x)) > mat [,1] [,2] [,3] [1,] 9 1 2 [2,] 9 1 1 [3,] 8 3 2 [4,] 7 2 3 [5,] 6 1 4 [6,] 5 1 5 [7,] 4 2 6 [8,] 3 3 7 [9,] 2 4 8 [10,] 1 3 9 > ordmat<-mat…

Wikipediaの記事

listingsパッケージを使う 入手。。。こちらからリンクをたどる \usepackage{listings} ... \begin{document} \lstset{language=R,frame=ltrb,framesep=6pt} \begin{lstlisting} #test x<-runif(1000) plot(sort(x)) \end{lstlisting} \end{document} いただ…

今年も残すところあとわずか。最後に「ぱらぱらめくった」のは・・・、３月でした。大急ぎでぱらぱらめくる。

近親交配の影響を量的に考える

Fstの今

Quantitative traitsのおさらい

gene-gene interactionを解析するということとは解析のスタイルとしてどういうことかという視点で、大まかに整理

一般論としてGWASデータをどう確たるものにするか、についての、おさらい

転写因子のわかっていないことを示しつつ、わかっていないことを分類して方向性を記載

極端な捉え方だが、この先には、展開があると思う nature review genetics の紹介記事 その元論文１ その元論文２

Spatial patterns of variation due to natural selection in humans by J. Novembre and A. Di Rienzo in Nature reviews genetics

総サンプル数を固定して、行数、列数を指定して適当に周辺度数を与えて、その期待度数の表を作る # <desc> 総サンプル数がnで、行数がs、列数がtの分割表を適当に作る。自然数nをsに分けるとき、長さnの数列のn-1の分割可能箇所からs箇所を選ぶことで可能なので、</desc>…

昨日は高次元分割表の場合列挙をやってみた。列挙ができたら(所要時間の問題はさて置き)、その正確生起確率が計算できて、それを使って、「Fisherの正確検定」もできることになる。 たとえば・・・ (000,001,010,011,100,101,110,111)のパターンが(100,0,0,1…

こちらを参照

昨日、N個のものをk種類に分けるわけ方について、各種類に上限数があるときに、何通りの分け方があるかについて書いた。 少し、変える。 N個のものがあって、第1の因子では、あるわけ方をされ、第2の因子では、別の分け方をされ、。。。と高次に分けられてい…

今、k種類の椅子がそれぞれ、n1,n2,...,nk個あるとする。そこに、m人の人が座るとする。ただし、なので、全員が座れる。このようなときに、k種類のそれぞれに座る人数を、m1,m2,..,mk ()としたとき、このm1,..,mkのパターンは何通りあるのだろう。。。Ｒのソ…

標準的な関数、たとえば"prop.test"は > prop.testと打てば、コンソールに表示される これをテキストファイルに書き出して、カスタマイズしたいとき dput(prop.test,file="hoge.R")とそればよい