今回、参考にした論文は、The SERPINE2 Gene is Associated with Chronic Obstructive Pulmonary Disease by Dawn L. DeMeo et al. Am J Hum Genet 2996; 78:253-264(URL) イントロダクション Common diseaseの１つであるCOPD(慢性閉塞性肺疾患（まんせいへ…

今、２つのSNP(SNP_A,SNP_B)があるとする。次の４つの場合を考える (1)SNP_AとSNP_Bとは異なる染色体上にある(連鎖不平衡には(絶対に)ない、SNP_AのジェノタイプがわかってもSNP_Bのジェノタイプが何であるか、予想ができない) (2)SNP_AとSNP_Bとは、同じ遺…

ハプロタイプの関連検定は、haplo.statsなどもこのブログで紹介(記事はこちら)しているが、定番が(まだ)ない（ハプロタイプでの関連検定の手法のいくつかについての概説記事はこちら)。その主な理由は次の通り 領域ごとにハプロタイプ種類(アレル)数が異なり…

ローカスの強さの指標とその検定-他のデータ解析・検定と同様に、「強さ」と「統計的有意差」からなる 「強さ」も「統計的有意差」も算出する方法はある。問題は、何を比較したいか(何を比較しないか)を了解してから実行することである 関連範囲の絞込みにお…

Lam, J.D. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら Parsimony と尤度 星型樹形図 Morris, A.P. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら ベイズ 隠れマルコフ過程(簡易解説はこちら) MCMCによる事後確率推定 星型樹形図 McPeek,M.S. et al.(1999) 論文はこ…