※ この記事の本体部分(Arlequinを用いた遺伝解析実習はこちら) ペアワイズLDの算出はLDブロックの基本である。論文等でもっともよく用いられるLD指標はr^2,D'である。また、Haploviewにては、それらに加えて、LODが用いられている。D',r^2については、比較的…

集団は、均一集団の寄せ集めになっている(ことが多い)。そのよせ集まり具合の評価。最近、論文でよく使われている"Structure"はこちら。Structureでは、観測データから個人をグループ分けして、グループ間の遠近関係を出す。こちらの手法は、観測データとと…

Arlequinの連鎖不平衡解析は遅いので原則、用いない。しかしながら、出力が丁寧なので、原理の学習という意味で連鎖不平衡のみなぞる。 EMアルゴリズムにてハプロタイプ頻度を推定し、それに基づいて連鎖不平衡の検定、および連鎖不平衡係数を計算している …

サンプルデータ ２群(GroupA,GroupB)について、全６SNPが作るハプロタイプが観測された。GroupAでは102人=204本、GroupBでは69人=138本。GroupAには７種類のハプロタイプが認められ、A1...A7と名前をつけた。それぞれの観測本数は、98,52,...3,1本ずつである…

分子進化の中立仮説にもとづいたモデルからの予想値と実測データの乖離の程度を評価するのが、Neutralityテストである。テストは、実測データのあるものの分布が、モデルにからの予想の分布との差について検定することにより行われる。アレルに関する分布を…

Arlequinの入力ファイルフォーマット・出力フォーマットは大量データのコマンドラインを意識したつくりになっていないので、そのつもりで。 SNP解析を前提にする。それ以外の場合は、SNP解析での経験をもとに、マニュアルを参照のこと。データを構成する基幹…

以下にはWindows XPにおけるインストール。Mac,Linuxへのインストールについては、オフィシャルページの解説を適宜参考にすること ホームページ ダウンロード bin + jre版"Arlequin20jre_zip.exe"をダウンロードし、ダブルクリック。解凍されて現れる２つの.…

第３限にて、Haplotypic dataを用いて、Diversity indicesの解析とその結果の解釈を行った。第４限では、Genotypic dataに拡張する。 ！注意！ Diversity indicesのうち、Standard diversity、および、Theta(Hom)はhaplotypic dataとPhase既知のGenotypic da…

全７限 このシリーズでの取り扱い範囲 遺伝子(もしくは、ある領域)の遺伝的多様性の評価(記事はこちら) Heterozygosity、ハプロタイプ間距離、ハプロタイプ関係樹・ハプロタイプ関係ネットワーク、Mismatch distribution、ハプロタイプ頻度推定 連鎖不平衡の…

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