2xk分割表を自由度k-1で検定するときには、k個のカテゴリの順序を考慮していない それを考慮したいことはある。その方法の１つが、Chi-square test for trend in 2xk tables である これは、カテゴリの順序に応じて、ダミー値を与え、それを用いて、総平方和…

SNP計算エクセル(一括処理用はこちら)。従前からファイル(こちら)の姉妹版

使っている論文はこちら(使い方は、ごく一部に思われる) 典拠書籍はこちら(未入手) Multivariate Permutation Tests: With Applications in Biostistics 作者: Fortunato Pesarin 出版社/メーカー: John Wiley & Sons Inc Print on 発売日: 2001/06/01 メデ…

public static void main(String[] args) { double[] d = {4,-1,2,3,6,2,6,2,2}; int[][] a = bublSortSameVals(d); } public static int[][] bublSortSameVals(double[] p){ double[] copyP = DeepCopyDouble1(p); int[] ret = new int[p.length]; for(int …

６月２２日の記事の問題の変形 今、N個の要素からなる要素集合がある これの部分集合がｋ個与えられている k個の部分集合のうち、s個の部分集合がロシアのマトリョーシカ人形のような包含関係にあるときs個の部分集合に対する処理はその一番要素数の多い部分…

多変量解析をするとき、従属変数群と説明変数群とに２分できるならば、それらの間の関連解析組み合わせのグラフ表現は２部グラフとなる 逆に、従属変数群内の変数間の関連、説明変数群内の変数間の関連も検定するときには、２部グラフにならない(こともある)…

点彩色問題の位置 集合があり、その部分集合の作る集合の集合(べき集合)があるときに、与えられた条件のもとでの最適な(ある指標を最小化する)べき集合の組み合わせを求める問題の１つ 最小集合カバー問題と呼ばれる べき集合数は、元の集合の要素数に対して…

今、N個の要素からなる要素集合がある それぞれの要素はX個の要素からなっている。これを 、と表す 今、このN種類の要素のX個の要素をシャッフルしたい。完全にシャッフルするのでなく、一定の制約を入れてシャッフルすることを考える シャッフルに与える制…

O(n log n)時間でのソート。この時間は、ソート対象列のデータ型・データ構造の条件を用いない場合には、最短なものの１つ。 本項中のその他の記述。「任意の再帰アルゴリズムを計算時間を増加させることなく、再帰呼び出しなしのアルゴリズムで書ける」 リ…

すべての場合を数え上げ(enumeration)ることが膨大なので、それを省略することが本書の中心であるが、そうはいっても、数え上げたいことはある。n個の要素の順列は、。この方法はであって、限界は早い。 例として、複数の２次元座標空間上の点の並び替えて、…

教科書 組合せ最適化-理論とアルゴリズム 作者: B.コルテ, J.フィーゲン, 浅野孝夫, 平田富夫, 小野孝男, 浅野泰仁 出版社/メーカー: シュプリンガー・フェアラーク東京 発売日: 2005/11/15 メディア: 大型本 駆け足で読めるかどうか、少々不安。全部読むか…

3.1 連鎖とは 異なる染色体上に複数のローカスが存在するとき、それぞれのローカスのアレルは、お互いに独立して伝達される 他方、同一の染色体上に存在する複数のローカスのアレルの伝達は相互に独立ではない。同一染色体上の異なるローカスのアレルが非独…

2.1 メンデルの分離の法則 形質 phenotype：個体がもつ特性 アレル(アリル) allele：遺伝子が持つ特性(個体は複数(２つまでが普通)の相同遺伝子を持つので、複数のアレルを有する ホモ接合体とヘテロ接合体(homozygotes, heterozygotes)：個体が持つ２つのア…

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連鎖解析アプリケーションで採用されている、家系図尤度の計算方法。家系図を世代の若い方から古い方へと進む。家系図の全体を計算するのでなく、部分で計算する。さかのぼりつつ、創始者へ行き着いたかいなかを判断し、行き着かなければ、部分家系図を子に…

5.0 この章の基本 形質＝環境要因＋遺伝要因(＋偶然) 量的形質には相関係数を求めることができる 要因間にも相関係数を求めることができる 偶然を入れないのがニュートン力学で、入れるのが量子力学に相当するとでも言うのでしょうか(そうすると、後者の場合…

統計学の２つの作業 集計 推定・検定 集計がすること 多数のデータの指標を定め、指標を算出する 推定・検定 多数のデータから母集団の指標の確からしさをP値で表現すること(もしくは、集団の比較の場合には、母集団指標間の違いの確からしさをP値で表現する…

URLメモ

シャロコピーとディープコピー 別のオブジェクトだけどその双子を作るにはディープコピー(しかない)

完全グラフは，各頂点がすべてのほかの頂点に隣接する。完全グラフには自己ループはない。したがって、その行列表現は、主対角線成分が0で、それ以外の成分が1である 参考(Mathematica 日本語サイト)