CNV

時間配分

1 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え) 2 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史…

11 結語(自分のデータといかに向き合うか)

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10 CNV(データ構造と解析手法)

CNVジェノタイプデータ 関連検定 Heterogeneity検定 マン・ホイットニー・ウィルコクソン 2群わけ ロジスティック回帰 トレンド検定 HWE検定 ハンドアウト

9 SNP-LD mapping、上記ルーチンのその先(フェノタイプネットワーク、パスウェイ解析、遺伝子組み合わせ、前向き)

8 リスク多型の機能性・因果関係評価(分子遺伝学的側面)

分子遺伝学おさらい 多型と分子遺伝学・分子レベルのアレル特異性 関連と因果 スライド

7 GWAS後(GWASスクリーニング後のこと。バリデーション・レプリケーション、メタアナリシス、異民族解析、ファインマッピング)

バリデーション・レプリケーション 発端研究でのバリデーションセットの重み レプリケーションスタディのやりかた タイプ1エラーの評価 パワー 手法 メタアナリシス 異民族のこと 異民族スタディの意義、LD構造の違い 民族間リスク差の有無と解釈 その場…

6 GWAS(データQC問題と対処、マルチプルテスティング問題の影響と対処、集団構造化の影響と対処、Frequentist以外の判断(ベイズ・FDR))

データQC データQCはなぜ必要か データQC総論 基本がわかれば、後は、応用 マルチプルテスティング 概論 対処法 集団構造化 概論 対処法 SNPひとしなみ SNP個別 サンプル層別化 Non-frequentist FDR ベイズ〜マルチプルテスティング対応 特にサ…

5 単一SNPの検定手法(2x3ケースコントロール、その他のカテゴリカル形質、量的形質、漸近近似手法・正確確率手法・パーミュテーション手法・尤度比手法、具体的な手法各論)

検定の分類 漸近近似 漸近近似検定 尤度比検定 正確検定 2x3分割表検定の諸相 自由度2検定 自由度1検定 Biased 検定 ロジスティック回帰 カテゴリカル形質、順序なし、順序あり Kruskal-Wallis, Jonckheere-Terpstra ロジスティック回帰 量的形質 線形回帰…

4 複合遺伝性疾患とその形質分類

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3 SNPのデータ構造とそのLD,HWD

SNP diallelic 数に関すること No. SNPs ns No. haplotypes nh, No. genotypes, phased, ngp, Homozygous types Heterozygous types No. genotypes, unphased, ngu, LD/LE ハプロタイプ頻度とSNPアレル頻度との間の独立性 Diplotype アレルのペア HWE/HWD…

2 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史(Out-of-Africa, Founder effect, Bottleneck)

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1 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え)

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CNV多型をはじめとする多(3以上)アレルのHWE検定 3

ディプロイドのコピー数多型が染色体別に決定されたとして、観測サンプルのコピー数別アレル数を確定的に算出し、それをもとに期待度数を算出し、観測度数と比較してカイ自乗検定をする場合と、ディプロイドの保有コピー総数のみが観測されて、それに基づい…

CNV検定(2)

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの2群で、このジェノタイプ分布に差があ…

CNVのDiploidコピー数情報から、コピー数アレル頻度をEMで推定する

ここ数日、Copy numer variationデータのケースコントロール解析処理についての覚書を続けている。昨日、CNVジェノタイプは、2本の染色体のコピー数の和として観測されることが多いこと、その情報から集団のコピー数頻度をEMアルゴリズムで推定すること、そ…

CNV多型をはじめとする多(3以上)アレルのHWE検定と関連検定 2

最大でなるコピー数アレルを有するCNVを考える。 集団内に実在するか否かは考慮せず、コピー数がの種類のアレルが存在するものとする。 アレル数はである。 ディプロタイプを考える。 2アレルを区別して特定するようなジェノタイプ(ジェノタイプx)は種類あ…

CNV多型をはじめとする多(3以上)アレルのHWE検定

アレルタイプ数をとする。Diploidではジェノタイプは。アレルをとし、その頻度を、観測本数をすると、ジェノタイプの観測人数がと表せる。 今、HWEにおける期待人数は,(ただしを観測人数、)と表される。 カイ自乗検定をするとすれば、、として表せる。 これ…

CNV検定

CNV多型についての論文メモと、CNV多型のケースコントロール関連検定についての現状をまとめた(記事はこちら)。 おおまかに言って、6、7年前のSNP2x3分割表検定の頃と同じ事情のようだ。 とりあえず、ケースコントロールデータを発表するにあたり、ひと…

CNVを駆け足で眺める

リストアップした論文へのリンクは こちらから1. Aitman, T.J. et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature 439, 851-5 (2006).CNVと疾患形質との関係は、コピー数について、ケース・コントロ…