Rのkernlab library(kernlab) # create data x <- matrix(runif(300),100) y <- matrix(runif(300)+1,100) mmdo <- kmmd(x, y) mmdo > mmdo Kernel Maximum Mean Discrepancy object of class "kmmd" Gaussian Radial Basis kernel function. Hyperparameter…

Integrating structured biological data by Kernel Maximum Mean Discrepancy

MMDiff2パッケージ source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("MMDiff2") library('MMDiff2') library('MMDiffBamSubset') ExperimentData <- list(genome='BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9', dataDir=system.file("extdata", package="MMDiffBa…

こちらの資料は「カーネル法入門」のうちの「カーネル平均を用いたノンパラメトリック推論」と題されたPDF そのなかにMaximum Mean Discrepancyの定義が出て来るらしい 確率変数(の観測標本)があるときに、そこにノンパラに分布推定をするつもりながら、分布…