Rの行列で、各行の和を出そうと思ったら M <- matrix(rnorm(100),10,10) apply(M,1,sum) だろう 同じことをPythonでやるのはどうするのかな、と思った Pythonで行列を扱うならnumpyがよいのでそうすることにしたとして 値のセットの和を出すsum()関数を、軸…

Rもpythonもjupyter notebookで文書作成できる ３次元プロットをしなくてよいのなら、Rでは普通の二次元プロッティング関数を使えばよいし、Pythonではmatplotlibを使えばよい ３次元プロットを描いてぐりぐり動かすとなると、Rではplot3dを使い、pythonでは…

１細胞データに付加価値(採取場所情報、細胞間関係情報、細胞集合としての分布取得、など)を付ける話が目立つようです。 12月号 Genotype–Tissue Expression (GTEx) 最新の成果についてのコメント。GTExのポータルで検索可能 "The data set of 838 donors an…

(非負)整数列(ポアソン乱数、負の二項分布乱数など)が生成されたとする。一見、出現する値はバラバラに見えるが、本当にバラバラなのかについて考えたい これは疑似乱数列のランダム性の評価として、様々な方法が提唱されている(たとえばこちら)問題だが、一…

STRINGと言うタンパク-タンパクネットワークデータベース・ツールがある(こちら) タンパク-タンパク間に数値が出てくるのだが、その数値がどう言う由来なのかがわかりにくい こちらのはてなブログの記事 kazumaxneo.hatenablog.com に「STRINGのインタラクシ…

熱力学の数理 [ 新井朝雄 ]価格: 4180 円楽天で詳細を見る 熱力学は温度を持った物理学的系が起こす現象を記載する形式である 統計力学の立場から、多数の要素が取りうる状態の多寡と乱雑度とを使って説明されることもある 本書は、そうではなく、巨視的熱力…

標準正規分布に従う乱数を作ってくれる製造器を標準正規分布確率変数と呼ぶ（と呼ぼう） このように、問いかければ、何かを返してくれるもの、返してくれる何かが問いかけのたびに変わるもの、ただし、そこにはルールがある、そんなものが確率変数（としよう…

こちらで「量子確率論とその応用」をぱらぱらめくった 文書を抜き書きしただけで、特に数式についてはあえて端折った この記事では、数式関連の抜き書きをする 直交多項式は以下のような漸化式で表される ここで、がヤコビ系数列 ヒルベルト空間の正規直交基…

このPDF『量子確率論とその応用』は、１年ほど前に、読みかじったのだが、消化不良だった。 再読を試みる異にする いつものごとく、自分の興味・目的に引きつけて読む事になるが、１年前と今とで、何が違うかというと、行列の集合を比較することへの興味が強…

参考文献

混交正規分布が背景にあるとする パラメトリックに、単純な正規分布を仮定して、推定すると、サンプル数を増やしても、推定結果は1峰性の正規分布であり、背景分布の平均（期待値）と分散は正確になるが、混合正規分布の特徴である複数峰は決して推定されな…

シークエンサーを使ったＳＮＰタイピングをＤＮＡ鑑定に用いるとき、単純なホモ・ヘテロ接合体の分離だけでなく、モザイク・キメラ体個人のそれをする必要に迫られることになる さらに、この課題は混合試料の解析・解釈とも関係する それを考えるためのスラ…