常染色体のSNPペアについて、トリオデータをもとにハプロタイプ頻度推定をし、その連鎖不平衡係数を計算することについて 先日、掲載した２つのエクセルファイル(こちらの記事)は、若干の修正をして、再アップロードした メンデルの法則を満たさないデータを…

As the cell counts of the contingency table are based on haplotype frequency estimates, rather than counts, the test statistic will not necessarily follow a chi-square distribution, because of the increased variance of the estimates. Genet…

Google検索には常日頃から多大な恩恵をこうむっている。Googleツールバーには、PageRankといわれる機能があり、サイトの「よさ」の指標のひとつとして使える。本サイト「ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ」は、このPageRankがほとんど零点であったが、1周年…

有限本数の染色体を観測した場合、母集団でのSNPのアレル頻度によらず、ある確率でLD指標のD'、r^2が１となるような観測データが得られる。D'=1となる確率、r^2=1となる確率はそれぞれ、２SNPが作る４ハプロタイプの母集団における頻度および、観測する染色…

ベータ版扱いです。ファイルはかなり重いですので、アクセスには忍耐が必要かも知れません(重いのは、EMのiteration 5000回分のところ)。 X染色体は、男に１本、女に２本ありますので、ハプロタイプ推定にあたっては、観測データにつき、女のデータは２本分…

ベータ版扱いです。2種類にしました。 トリオのデータは、親子関係を利用して伝達ハプロタイプ・非伝達ハプロタイプを特定し、ハプロタイプ推定の精度を上げることができる。以下の２エクセルファイルは、トリオの３人の２SNPジェノタイプ情報から、両親2人…

RwikiのTipsに記事登場(もうちょっとだけ、早く出ていてくれれば、苦労しなくて済んだ・・・)。 初歩的な使用法についての自己記事(optim, nlm) Rwiki Optim()の使用法 Rwiki nlm()の使用法

今、アレル頻度p,1-pなる対立遺伝子座がある。有効集団サイズNで一定であるときにこの座のアレル頻度は遺伝的浮動により、固定(p=0 or 1)となる。その途中経過をプロットするエクセルである。入力値は、初期アレル頻度、経過時間、有効集団サイズ、および、…

大きく次の４群に分類される 『遺伝学』 『統計学』 『情報学』 『生物学・医学』 その他(倫理関係) はじめに〜おわりに 教科書一覧 実習２題 本サイト全体の記事一覧 本サイト内の雑多な用語検索ページ その他、駆け足で読む教科書シリーズはこちら

本記事に関するコメントに代えて いわゆる複合遺伝性疾患へのかかわりかたは色々あるが、そのうちのデータ解析・解釈を中心に関わることを目指したとき、何をどのくらい勉強すればよいだろうか。この範囲の幅広さは、複合遺伝性疾患の研究者と論文執筆にあた…

研究計画・研究倫理 ヘルシンキ宣言 ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針

Haploviewを用いた連鎖不平衡マッピング解析実習 全９限 Arlequinを用いた集団遺伝学実習 全７限

教科書のページに書いた以上のコメントはありません 『生物学』 生物学に縁のない状態からの第一歩のための通読教科書 分子生物学講義中継〈Part1〉―教科書だけじゃ足りない絶対必要な生物学的背景から最新の分子生物学まで楽しく学べる名物講義 作者: 井出…

※準備中 情報学 公共遺伝学データベースの利用 公共データベースリテラシー DNA・RNA 配列 配列２次情報 その算出方法 その登録方法 多型 SNP、他 HAPMAP タンパク質 配列 配列２次情報 その算出方法 その登録方法 分子・個体レベル情報 GO 分子相互関係 異…

『統計学』 遺伝統計学のための統計学基礎(全９限) 副読本『遺伝統計学のための数学』…『統計学』を了解するための基礎項目 統計学のための数学入門30講 (科学のことばとしての数学) 作者: 永田靖 出版社/メーカー: 朝倉書店 発売日: 2005/04 メディア: 単行…

遺伝学 分子遺伝学 基礎事項は、教科書 ヒトの分子遺伝学 第3版 作者: 村松正實 出版社/メーカー: メディカル・サイエンス・インターナショナル 発売日: 2005/11/04 メディア: 大型本 の通読にて ゲノム学・多型学については別途必要 多型学全般 SNP同定法 S…

『遺伝学』 『集団遺伝学』 教科書 Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc 発売日: 1997/10 メディア: ハードカバー こちらもお勧め 『分子遺伝学』 教科書 ヒトの分子遺伝学 …

幾何学的に図を描くのは骨が折れる。Mathematicaなどを用いてもよいが、関数化が面倒だ。Rを用いるのも同様だ。その点、紹介するCinderella(シンデレラ)はすてきだ。以前、インストールして使っていたが、ハードディスクの故障とともに復活させずにいたが、…

モンテカルロシミュレーションのプログラムを走り書きしていると、つい、乱数発生のところで、Math.random()を使ってしまう。seedを与えて、再現性を持たせるために必要なことは、擬似乱数列generatorを入れることと、そのgeneratorにseedを引数として与える…

ベータ版。HapMap公開データ検証用(予定)。 既存プログラムとの結果の検証がまだ済んでいない版になるので、使用には注意。検証が終了したら、ホームページへ以降予定。 ファイルはこちら Haploviewにおける、トリオデータの連鎖不平衡指標の算出についての…

以前、駆け足で読むシリーズでPCクラスタの記事を書いた(こちら) 最近、PCクラスタの導入を前提として、復習を始めることを記事にした(こちら) 遺伝的浮動が熱力学的拡散方程式様の数式表現をされることも記事にした(こちら) 「駆け足シリーズ」のときには、…

簡単のために、２アレル多型２ローカスについて考える。00 11というハプロタイプがある。この２ハプロタイプ間で交叉が起きると、組換え体01 もしくは 10が生じる。今、ハプロタイプとして00 01 10 11があったとき、組換え体を生じるハプロタイプのペアは00-…

表題の用語について質問を受けた。 集団間の遺伝的な距離を表す指標のひとつである。 今、ある多型ローカスがあったとき、２集団間にその多型ローカスの"Allele-sharing distance"が定義される。複数のローカスを用いて、"Allele-sharing distance"を定義す…