2011-09-01から1ヶ月間の記事一覧

画像データをRで

R

MRI画像は3次元情報。それをRで扱うパッケージがこちらとかこちら 10進数をn進数に変換する関数もありますoro.dicomパッケージのdec2base()

dose response curveでRの関数を読む

R

こちらから こちらのモジュールと連携 ソースを読むときの戦略概論はこちら 用量反応曲線を推定している library(drc), "dose response curve" 推定関数 drm(), "dose response model" 処理内容を確認する(ヘルプ記事) "Details" の項 optim()関数による近似…

疫学の初歩

ゲノム疫学関係者の勉強資料を集めている(こちら) 資料→こちら

駆け足で読む『ウェットウェア〜単細胞は生きたコンピューターである〜』

ウェットウェア: 単細胞は生きたコンピューターである作者: デニス・ブレイ,熊谷 玲美,田沢 恭子,寺町 朋子出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2011/08/25メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 69回この商品を含むブログ (6件) を見る 「細胞が自己についてど…

IGESミーティング@ハイデルブルク

アブストラクトはこちら 今年の主題はレアバリアント レアバリアントの形質影響がどうなっているのかの仮説 相互に独立でないもの・一様でないものが集まることで、「独立であったとしたらこうなる」はずなのに、そこからずれている、ということを検出しまし…

リサンプリング

こちら リサンプリング(Wiki) リサンプリング(R)

ぱらぱらめくる『自己・あいだ・時間』

自己・あいだ・時間―現象学的精神病理学 (ちくま学芸文庫)作者: 木村敏出版社/メーカー: 筑摩書房発売日: 2006/05/01メディア: 文庫購入: 2人 クリック: 15回この商品を含むブログ (20件) を見る こんな話もした 精神疾患の遺伝因子解析は歴史が長い その成…

データを整理してつかむ

昨日も記述のことを書いた 先週はRを使うための集中講義をした その集中講義は「R」を統計ソフトとして使うことと、プログラミング環境として使うこととを半々くらいに配分した オミックス解析を含む、変化する生物・医学分野の統計解析を実施していくには、…

京大医学部と記述統計と『蠅の帝国』

昨日は中学生に定量的に判断するゼミ(こちら)をした。 今日は、こんな本を読んでいる。 蝿の帝国―軍医たちの黙示録作者: 帚木蓬生出版社/メーカー: 新潮社発売日: 2011/07メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 7回この商品を含むブログ (13件) を見る 軍医か…

確率的な日常

今日と明日はジュニアキャンパス 中学生と確率的なことをするゼミ 当日まで、資料にバグがあったりして、大変… ゼミ『信じられないほどめずらしい』に関するページ→こちら 絵にした情報で、まとまりの良さや全体的な傾向にスカラー値を与えるという作業を1…

アプリの比較

血縁関係があるとき、アレルがシェアされる そのアレルの由来が「同祖」であることがIBD IBDであることは、家系情報を使って、そのアレルが確かに伝達されたと言えるときには、それと知れる GWASデータのときなどは、「アレルシェア」が染色体位置として途切…

ペアワイズでは隠れている連鎖不平衡

市松模様とペアワイズでは見えない連鎖不平衡の関係はこちら

つないでみる

今、ある遺伝子があって、N個の一塩基多型があるとする すべての一塩基多型は2アレル型であるとする 個々の一塩基多型のジェノタイプ(ディプロタイプ)は3タイプある 個々の一塩基多型の3つのジェノタイプは、2アレルのうちの1アレルに関して保有本数を…

基礎知識

ゲノムやオミックス・バイオマーカーなどを用いた経時的情報収集・疫学の遂行のための専門員が学ぶことになるだろう内容・範囲は何かと考えた 思いつくままに挙げてみる ▲は自分が教えたり資料を作ったりしたことが「ゼロではない」内容 ■は大学・大学院で正…

マイオーシスとマイトーシス

マイオーシスはmeiosis、マイトーシスはmitosis 同じ「マイ」でも、綴りが違う どう、違う?と話題になった meio- 半分、中央、平均 mean, medium,median http://www.babylon.com/definition/meio/Japanese:titel=こちら mito- 糸 有糸分裂、ミトコンドリア …