2013-10-01から1ヶ月間の記事一覧

アメリカ人類遺伝学会@ボストン

2013/10/23-25と会期の全部ではありませんが、参加します 主なトピック 研究トラックに挙げられているもの エピゲノムは取り立てて扱っておこう 「ゲノム空間」の「Integration(統合解析〜積分)」 Galaxyを使って自分でハイスループットデータを使ってみよう…

DelaunayはDelone

準結晶をやっていたら、点がばらばらだけと均等にあるとき「Delone set」と言う、というのが出てきた(こちら) 分布推定をやっていて三角形分割をやっていたらDelaunay図と言うのが出てきた(こちら) Бори́с Никола́евич Делоне́; ボリス ドロネーさんからつい…

メモ

準結晶(こちら)やら、リーマン予想と準結晶(こちら)やら、それらとゼータ関数の関係(こちら)やらを気にしている データ解析的にはどうなるか… ルールがある、ルールが制約空間に像を作る。これが準結晶(と定義してもよい) 準結晶に関する点集合を観察してよ…

ドロネー分割を取り入れる

昨日の記事では酔歩を使って平滑化する話 そのとき、観測点の密度が違うと平滑化後の値が密度推定にはならないことを書いた それを修正するために、ドロネー図的に(多次元に一般化しやすくするため)各点に与えうる密度っぽい値を計算することにしたこちらに…

酔歩で平滑化

先日、体系的発現データ解析で遺伝子の重みをつけるにあたって既知パスウェイ情報から作ったグラフの上で酔歩をさせて遺伝子の重みづけを変更する→結果として平滑化状態に収束する、という話があった じゃあ、ありきたりな量的計測値があったときに「分布」…

酔歩で平滑化

カーネル密度推定のbw.nrd0

R

help(density)でdensity()のヘルプが出る 平滑化の幅のオプションが色々あるが、help(bw.nrd)でその色々のヘルプ記事が出る その中で「最適」とは言いにくいかもしれないが、歴史的経緯から良く用いられているnrd0オプションでは…などの説明がある bw.nrd0 i…

SOAP

診断行為・臨床判断としてのSOAPについてこちらにコメントがある Sに入る前に「対象」が帰属する「母集団」に対する知識が必須。これが事前確率を決め、以降で得られる事後確率に逐一反映してくる〜すべての情報の価値に影響を与えるから 「身体システムを意…

当たりくじ

当たりくじが表示より不当に少なくしか入っていないかどうかを疑っているときのサンプリング鑑定 p1 <- 0.1 p2 <- 0.01 Ns <- 1:46 for(i in 1:length(Ns)){ N <- Ns[i] db.1 <- dbinom(0:N,N,p1) db.2 <- dbinom(0:N,N,p2) cumsum.1 <- cumsum(db.1) cumsum…

ずるしている?

逸脱しかた

大学入試センター試験の願書受付が始まりました 複数の科目の合計点で合否を決めることが普通です 一芸入試というのもあります 絵に描くとどういうことなのでしょう? もし、すべての試験科目が相互に独立で、多次元正規分布していて、中心からのずれの強い…