参考サイト 球面上の最適配置入門 平面的グラフの球面への埋め込みと双対グラフ(dual graph) 球面上の最近接距離分布こちらも、こちらも Sphere Anchored Map：大規模2 部グラフの3D描画手法 有限グラフからの標準的実現と球面デザインについて 球面上の代数…

だいたいN個の点を半径１の球面上に「ほぼ均一に配置する」 N=1000を指定して1513個の点がプロットされた・・・(これが誤差) Javaで３次元座標として出力する public static void main(String[] args)throws IOException { int N=1000; new SphereCoords sc …

参考サイト エクセルでは、『数字 行、アルファベット 列』の表示方法と『数字 行、数字 列』の表示方法の２種類がある。後者を『R1C1参照形式』と呼ぶ 切り替えは、ツール→オプション→全般→設定(R1C1参照形式を使用する、しない)のチェックボックス セルの…

入門ベイズ統計―意思決定の理論と発展作者: 松原望出版社/メーカー: 東京図書発売日: 2008/06メディア: 単行本購入: 107人 クリック: 2,061回この商品を含むブログ (46件) を見る 第１章 ベイズの定理 ベイズ、ベイジアン 事象、確率、条件付確率 可測事象と…

組み換えなしに無限サイトモデルにてSNPが発生するとする。 多型箇所の数＝変異の数 ハプロタイプ数について、多型の発生樹のパターン数は、カタラン数 WikiPedia Wikipedia(英語版)の記載 (ベル数, free cumulants, Wigner semicircle distribution, free p…

100年に一度の大雨、1年間に0.01の確率で降る大雨 Exceedance probability こちらのサイトで 極値統計的 ポワソン分布 比較的まれな事象(疫学調査、前向きコホート研究)

こちら

いろいろなSequences(こちら)

計算もろもろ(こちら) VBA

背景はこちらの記事とこちらの記事で。 注！もろもろ、未検証のβ版です。 おそらく大丈夫 まとめなおした記載はこちら 添付は、このベータ版関数の出力について次の３相関をプロットしたもの。上段が、６カウントについて、ロジスティックのｐとトレンド検定…

今、次のような２ｘ３カウントデータのファイルがあるとする。 rs1 10 20 30 40 20 10 rs2 11 21 31 41 21 11 ファイルを読み込んでロジスティック回帰をして、そのを返す関数 LogisticTestColumns2<-function(file,columns){ data<-read.table(file) res<-c…

resultを取り出すには・・・ summary summary$coefficients, もしくは、summary[12]に以下の内容がリストで格納されているので Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -0.5898 0.2627 -2.246 0.02473 * G 0.5073 0.1880 2.699 0.0…

こちらにGWASでのSNP関連検定に漸近近似ベイズ因子を用いる論文について書いた。 以下、20080821と重複になる部分もあるが、漸近近似に中心を移して書く。 事前確率分布のおき方によっては、解析的にベイズ因子を算出するのは難しい。 適当な事前確率分布を…

最近の論文では、こんなものが。 ベイズは以下に示すＲのパッケージのインストールで山のように依存関係のあるパッケージのインストールが必要となることからもわかるとおり、面倒くさい(計算量もすくないわけではない・・・)。ので、漸近近似でベイズ因子を…

あちこち、つまみ食いをしているうちに、こんなサイトへと流れ着きました。 その名も『RとWinBUGS』 RとWinBUGSで、MCMC-ベイズをしましょう、と。 確率密度分布。 MCMCで無記憶(１回前までの情報のみ)で確率密度を更新。 そのためには、更新するときに、分…

2008/08/15にアレル特異的リスクの表現についてメモした(こちら)。 少し変える。変えると、２アレルのリスクの差がアレル頻度に依存しなくなる。 集団に0,1型の形質がある。そのprevalence をとする SNPがあり、0,1のアレルを持つ。それぞれのアレル頻度をと…

複数のSNP型多型があり、それぞれ、0-1型形質のリスクを有するとする。 こちらの記事で示したように、各SNPのアレルには、アレル頻度に応じたリスクを持たせ、そのアレルに持たせたアレル特異的リスクの期待値は集団全体でゼロとなるように標準化するものと…

TeXnicCenterを使ってTeX文書を作っていた。 日本語非対応が面倒だった。 日本語対応のものとしてTeXnician ダウンロードも簡単(こちら)。ツールバーの「実行」から「pLaTeX」で dvi文書化 同じく「dvipsk」でポストスクリプト化 同じく「dvipdfmx」でpdf化…

集団に0,1型の形質がある。そのprevalence をとする SNPがあり、0,1のアレルを持つ。それぞれのアレル頻度をとする。 集団での平均的リスクは、prevalence,で定まっており、SNPのアレル特異的リスクは、そこからのずれとして考えることとすると、２アレルの…

再生性とは 今、ある分布Fに従う２つの独立した確率変数があるとする。この２つの確率変数の和が、同じくFに従うとき、この分布Fは再生性を有するという。Wikipedia 再生性を有する分布の例 正規分布 ２項分布 ガンマ分布 正規分布の再生性 和の分布の平均は…

SNPの場合 あるリスクアレルがあったときに、そのアレルがなかったら、疾患有病者のどれくらいの割合が今より減るだろうか、という値。 今、母集団を代表する集団としてコントロール群にてリスクホモ、リスクへテロの人数がHo,Heと観測され、そのRelative Ri…

ある疾患について、その患者(発端者)の家族歴をとったところ、３割の患者で家族歴が陽性だったと言う。この疾患の家族集積性についてどんなことを考えればよいだろうか？ 有病率(家族集積性がなくとも、好発疾患では有病家族を有する確率が高い) 家族歴の対…

Optimal dose-effect mode trend test for SNP genotype tables. An Genetic Epidemiology Published Online: 7 Aug 2008 概要 SNPでケースコントロール関連検定をしようとしているとき、additive modeに対してトレンド検定を、優性モードに対して優性検定を…

k個のSNPがあったとする SNPiのアレル頻度を、とする とする k個のSNPの順序をにて決めることとする このとき、次のようなハプロタイプ頻度セットは、全SNPのアレル頻度の条件を満足する k個のSNPが作りうる、種類のハプロタイプをk+1群に分ける SNPのメジャ…

相互に関係のある複数の説明因子がある。 その因子群は総体として、何かしら興味の対象である因子と因果関係にある。 複数の説明因子の内部で、因果関係への寄与程度を定量的に評価したり、その違いを検定したりするためには、どんな情報が必要で、どんな方…

たとえば、こんな論文がある。リンパ球を表面に発現している膜分子の発現パターンや、機能性小分子の分泌パターンなどで、亜分類し、それらの、発現パターンによる役割づけをし、また、それを分化と結びつけて考える論文であり、よくあるタイプである。 この…

先日、２ｘ３分割表の特異値分解的見方についてメモした(こちら) HWEテストについてもその目で見てみる。 アレル数nのとき、nxnの正方行列をなし、縦・横の周辺度数は同一のベクトルとなる。 このような正方行列の特異値分解では、ホモだけが存在するような…