haplo.glm haplo.glmはhaplo.statsの１関数 個人別のUnphasedジェノタイプデータとフェノタイプデータから、ハプロタイプフェージングをした上で、ハプロタイプとフェノタイプとの間の関係を一般線形モデルで解析するものである 参考文献は：Estimation and …

Haploviewの"xxx.ped" ファイルと"xxx.info"ファイルとがある場合に、そのファイルのあるディレクトリを指定し、haplo.statsの"haplo.em"関数の実行用ファイルを作成するperlのコード Ｒコンソール上で、上記ファイルを読み込み、haplo.emの結果を表示する関…

推定アルゴリズム ＥＭベース ＥＭとの相違は、 推定の過程で、設定閾値に満たない頻度のハプロタイプを除去する 推定の初めから、全多型の作るハプロタイプ空間を相手にせずに、解析多型数を増やしながら進める(SNPHAP by David Clayton http://www-gene.ci…

haplo.statsは、S-PLUS/Rのプログラム群で、フェーズ未知のdiploidジェノタイプデータから、ハプロタイプ推定を行い、その推定結果を用いて、関心フェノタイプとの関連を検定する。 エッセンスはこのページno title 詳細はこちらno title パッケージ"haplo.s…

実行条件パラメタ リスト 多型を順次組み入れながら進めるが、その組み入れにあたっての順序(loci.insert.order) 多型の組み入れにあたって、一度にまとめて組み入れる多型の数(insert.batch.size) 稀すぎるハプロタイプを省きつつ進むが、その閾値事後確率(…

疾患感受性多型解析において、候補部位を連鎖不平衡ブロック単位に絞り込むことは、ブロックの定義につき若干の議論の余地を残しているとはいえ、問題なく行えると言ってよいであろう。不平衡ブロックに認められた感受性の由来多型の同定は、分子生物学的・…

Statistics in Human Genetics (Applications of Statistics S.) 作者: Pak Sham 出版社/メーカー: Edward Arnold 発売日: 1997/11 メディア: ペーパーバック ↑ コメント。ペーパーバック。1番薄い。記載内容は正確かつ、理解しやすい。遺伝子探索における検…

多型のアレル頻度からWright's F 統計量を算出する。Wright's F統計量は集団中のsubstructureの程度を定量的に現したものである。Wright's F統計量は、次のような根拠を用いる。集団のsubstructureは、ランダムメイティングが起きていないことと同じである。…

！！書きかけ！！ 参考文献 Models in Population Genetics, in Chapter 1 "Genetic and Statistical Background",Principles of Population Genetics ed. by D.L. Hartl and A.G. Clark Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G…

長さk bp, 多型箇所数 s, 多型性配列数 nに対し、この領域がどのくらい多型に富んでいるか、塩基構成がどのくらい多彩かをそれぞれtheta, piで現す。thetaは長さkあたりに存在する多型箇所数 s(多型の密度s/n)と、多型性配列数nの関数となる。密度が大きいほ…

生物の繁殖等にあたり、次世代のかけあわせのために個体を選ぶ方法の１つ。量的形質において、好ましい形質の値がある一定値(truncation point)を越える(に満たない)個体を選択する。連鎖不平衡マッピングにおいて量的形質を対象にするときに、解析対象をそ…

ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ - Rにて変数タイプ別の単変量解析からの続き 関数名：singleVarAnalysis 引数： １ データフレーム ２ 独立変数ベクター ３ 従属変数ベクター ４ 変数タイプベクター ５ 変数名ベクター ６ 出力ファイル １ データフレーム …