第３限にて、Haplotypic dataを用いて、Diversity indicesの解析とその結果の解釈を行った。第４限では、Genotypic dataに拡張する。 ！注意！ Diversity indicesのうち、Standard diversity、および、Theta(Hom)はhaplotypic dataとPhase既知のGenotypic da…

全７限 このシリーズでの取り扱い範囲 遺伝子(もしくは、ある領域)の遺伝的多様性の評価(記事はこちら) Heterozygosity、ハプロタイプ間距離、ハプロタイプ関係樹・ハプロタイプ関係ネットワーク、Mismatch distribution、ハプロタイプ頻度推定 連鎖不平衡の…

連鎖不平衡解析などにおいて、組換えを考慮に入れるべき状況にあっては、距離行列が不適切であることに留意。 現在、論文でもっともよく目にするタイプのハプロタイプ同士の親子関係(祖先・子孫関係)の図は、次のような方法である。Arlequin 2.000 のマニュ…

r集団にkジェノタイプが観測されたときに、その分布がランダムであるとする帰無仮説を棄却する程度を検定する。2x2分割表検定に対するFisher's exactテストのrxk分割表への拡張と同様である。全組み合わせを完全に計算する代わりに、(Arlequinパッケージでは…

レビュー誌の創刊が盛んだ。自分が関係する分野の主要な論文のタイトルを眺めるだけでも大変だ。 Webベースのレビュー誌のようなもの Faculty of 1000 なるものがあった。PubMedの検索にもバナーが表示されるらしい(URL) ちなみに、"recommended"でランクイ…

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HaploviewはHapmapプロジェクトデータからのデータダウンロードに対応したSNPデータの連鎖不平衡解析ツールである。そのウェブサイトはこちら。その公開は論文化に先立ってなされていたが、その概要の論文化は2005年に入ってから(Barrett JC, Fry B, Maller …

個体と集団 分子の無限遠と個体の無限遠 電気回路シミュレーションのアプリケーションKamiSim Hardware description language HDR LSIの設計 オームの法則・電気回路で幾何学 「単電子トランジスタ」 単電子エレクトロニクス研究の動向 ドットに電子が１個流…