Exact tests of population differentiation

r集団にkジェノタイプが観測されたときに、その分布がランダムであるとする帰無仮説を棄却する程度を検定する。2x2分割表検定に対するFisher's exactテストのrxk分割表への拡張と同様である。全組み合わせを完全に計算する代わりに、(Arlequinパッケージでは)マルコフ連鎖を用いて観測データの帰無仮説からの逸脱度を評価する。Haplotype観測数で作る分割表にもPhase-unknownなdiploid genotype観測数で作る分割表にも適用可能。後者の場合には、haplotype推定の成否に影響するファクター(たとえばHWEからの逸脱)などにも頑健であるとみなしてよいかもしれない。また、多型同士の独立性の影響を排除して解析できる。参考文献は、同法を実装しているArlequin 2.000パッケージのマニュアルの100ページ　7.1.11 Exact tests of population differentiationを参照

※　2005-12-07 Haploview概要と典拠 の記事にLD指標のLOD値に関する記述を追記