Ancestral Recombination Graph

• ゲノムＤＮＡは祖先から子孫へと伝えられる。伝えるときに、組換えという現象があり、あるゲノムＤＮＡは２つの親ゲノムＤＮＡのモザイクとなることがあり、このようなときに子ゲノムＤＮＡを組換え体(recombinant)と呼ぶ。組換えの影響を受けない場合には、１つの親ゲノムＤＮＡから、そっくりそのままのコピーが子ゲノムＤＮＡに伝えられる。この親子関係を図にしたものがＡＲＧである。点(ノード)は個々のゲノムＤＮＡに相当し、点と点を結んだ辺(エッジ)が親子関係にあたる。
• 今、このＡＲＧにおいて、変異の発生に関する情報を盛り込むこともできる。そうすることで、ゲノムＤＮＡ配列の変遷に関する情報の(ほぼ)すべてをこのグラフによって表すことができることになる。変異は、ある親ゲノムＤＮＡの配偶子ＤＮＡに発生するので、ＡＲＧにおいては、エッジ上のできごとであるとみなすことができる。
• ＡＲＧについては、観測可能な現在のゲノムＤＮＡ配列から、過去に遡って再構築する試みがあり、それについては、Coalescentモデルに基づく方法が提案されている。Coalescentモデルの立場からまとめた記事はこちら
  
  • ARGについての本メモの先行記事はこちら