optim関数

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• datax,datayにデータペアがあり、今、式へのあてはめを考えているとすると、変数a,b,cについて、その初期値をc(0.5,0.5,0.5)と与えてやり、次のように実行する

f <- function(x) {
    a <-x[1]
    b <-x[2]
    c <-x[3]
    sum((datay-(a*exp(b*datax)+c))^2)
}
optim(c(0.5,0.5,0.5),f)

結果はこんな感じ

$par

[1] 0.3169682 0.2442764 3.5609289
$value

[1] 0.02900284
$counts

function gradient 

     130       NA 
$convergence

[1] 0
$message

NULL

• 今、タブ区切りのファイル(１行目がラベル行、カラム名が"x","y"）、近似式がについて、a,b,cの初期値をそれぞれ0.1,0.2,0.3として推定値を得る関数はこんな感じ

runoptimPar<-function(file,par){

    f <- function(x) {

        a <- x[1]

        b <- x[2]

        c <- x[3]

        sum((datay-(a*exp(-b*datax)+c))^2)

    }
    data<-read.table(file,TRUE,"\t")

    datax<-data$x

    datay<-data$y

    optim(par,f)
}

• 実行方法は

> runoptimPar("hoge.txt",c(0.1,0.2,0.3))

$par

[1]  0.2816443  0.5790963 -0.3748909
$value

[1] 2.348886
$counts

function gradient 

      80       NA 
$convergence

[1] 0
$message

NULL
> 

||<