2007-11-10

CNVを駆け足で眺める

CNV 論文 Mann-Whitney Mann-Whitney-Wilcoxon

リストアップした論文へのリンクは
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1. Aitman, T.J. et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature 439, 851-5 (2006).

CNVと疾患形質との関係は、コピー数について、ケース・コントロール間でマン・ホイットニーのU検定、マン・ホイットニー・ウィルコクソン検定を用いている
2. Baross, A. et al. Assessment of algorithms for high throughput detection of genomic copy number variation in oligonucleotide microarray data. BMC Bioinformatics 8, 368 (2007).
3. Beckmann, J.S., Estivill, X. & Antonarakis, S.E. Copy number variants and genetic traits: closer to the resolution of phenotypic to genotypic variability. Nat Rev Genet 8, 639-46 (2007).
4. Carter, N.P. Methods and strategies for analyzing copy number variation using DNA microarrays. Nat Genet 39, S16-21 (2007).
5. Estivill, X. & Armengol, L. Copy number variants and common disorders: filling the gaps and exploring complexity in genome-wide association studies. PLoS Genet 3, 1787-99 (2007).

現行のSNP-GWASで腑に落ちないこと
(1)今後、解析精度が上がっても、Heritabilityのすべてを説明するだけのローカスは出てこないのではないか、という懸念
(2)検出多型の機能性が不明
(3)エピスタシスが検出されていない
(4)SNP地図による多様性のカバーが不十分(未十分なのか、十分足りえることはないのではないか、という懸念)
6. Fanciulli, M. et al. FCGR3B copy number variation is associated with susceptibility to systemic, but not organ-specific, autoimmunity. Nat Genet 39, 721-3 (2007).
CNVと疾患形質との関係は、コピー数について、ケース・コントロール間でマン・ホイットニーのU検定を用いている

7. Hegele, R.A. Copy-number variations and human disease. Am J Hum Genet 81, 414-5; author reply 415 (2007).
8. Kosta, K. et al. A Bayesian approach to copy-number-polymorphism analysis in nuclear pedigrees. Am J Hum Genet 81, 808-12 (2007).
9. Lynch, A.G., Marioni, J.C. & Tavare, S. Numbers of copy-number variations and false-negative rates will be underestimated if we do not account for the dependence between repeated experiments. Am J Hum Genet 81, 418-20; author reply 420-1 (2007).
10. McCarroll, S.A. & Altshuler, D.M. Copy-number variation and association studies of human disease. Nat Genet 39, S37-42 (2007).

Copy number を整数値でタイピングすることにアッセイ技術上の問題が残るなど、関連検定以前の問題も残されてはいるが、ひとたび、コピーナンバーが整数で得られれば、コピーナンバー多型が２アレルであるときには、SNPとほぼ同様の対応が可能であり、確かに多くのコピーナンバーは２アレルであるようだ。ただし、有名どころのCNVにも２より多いアレルのそれがあるように、３アレル以上のCNVに対する対応も必要である。
これまでになされた報告では、個人の持つコピー数を多少の２群に分けて、独立性検定を行ったもの、
コピー数をロジスティック回帰の説明変数として扱ったもの、
コピー数にノンパラ検定を用いたものがあることを引用している。
11. Nadeau, J.H. & Lee, C. Genetics: copies count. Nature 439, 798-9 (2006).
12. Pinto, D., Marshall, C., Feuk, L. & Scherer, S.W. Copy-number variation in control population cohorts. Hum Mol Genet 16 Spec No 2, R168-73 (2007).
13. Reymond, A., Henrichsen, C.N., Harewood, L. & Merla, G. Side effects of genome structural changes. Curr Opin Genet Dev 17, 381-6 (2007).
14. Ropers, H.H. New perspectives for the elucidation of genetic disorders. Am J Hum Genet 81, 199-207 (2007).
15. Sebat, J. Major changes in our DNA lead to major changes in our thinking. Nat Genet 39, S3-5 (2007).
16. Lupski, J.R. Genomic rearrangements and sporadic disease. Nat Genet (2007).
17. Yang, Y. et al. Gene copy-number variation and associated polymorphisms of complement component C4 in human systemic lupus erythematosus (SLE): low copy number is a risk factor for and high copy number is a protective factor against SLE susceptibility in European Americans. Am J Hum Genet 80, 1037-54 (2007).
One-way ANOVA
18. Stranger, B.E. et al. Relative impact of nucleotide and copy number variation on gene expression phenotypes. Science 315, 848-53 (2007).
19. McKinney, C. et al. Evidence for an influence of chemokine ligand 3-like 1 (CCL3L1) gene copy number on susceptibility to rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis (2007).