Shinyでインターラクティブ文書を作る - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

Rstudioを最新版に更新したら、Shiny形式での文書作成というのがあることがわかった
二次元空間に２タイプが分布しているときに、kNN法によって境界を決めるという課題に取り組む機会があったが、その課題ではkの値を変えると、境界が変化した。そのkの変化をインターラクティブ文書化してみる
RstudioによるShiny文書の作り方はこちら。Shinyについてはこちら

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title: "shiny_test"
author: "ryamada"
date: "Sunday, December 21, 2014"
output: html_document
runtime: shiny
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## kNN法をインターラクティブに


```{r,echo=FALSE}
# 適当な観測データ。２次元座標xと、２値カテゴリy (0,1)
n <- 500
x <- cbind(rnorm(n),rexp(n,1))
y <- rep(0,n)
y[which(2*sin(x[,1]*2) + 0.5*x[,2]^2 +1 > 2)] <- 1
plot(x,col=y+1,pch=20,xlim=range(x[,1]),ylim=range(x[,2]))
```

```{r,echo=FALSE}
# グリッドを作る
X1 <- seq(from=min(x[,1]),to=max(x[,1]),length=100)
X2 <- seq(from=min(x[,2]),to=max(x[,2]),length=100)
X12 <- as.matrix(expand.grid(X1,X2))
# グリッド点と観測点との距離を測る
d <- matrix(0,length(X12[,1]),length(y))
for(i in 1:length(d[,1])){
d[i,] <- sqrt((X12[i,1]-x[,1])^2 + (X12[i,2]-x[,2])^2)
}
# 近い順に評価して、その観測点IDを取り出す
ord <- apply(d,1,order)
Y.hat.value <- rep(0,length(X12[,1]))
```
操作パネルを作る。スライダーで値を決める。初期値がvalue。"k"という名称は、後で、renderPlotが呼び出すときに使う。
```{r,echo=FALSE}
inputPanel(
  sliderInput("k", label = "kNN-adjust:",
              min = 1, max = n, value = 5, step = 1)
)
```
プロットする。inputPanelで作った、"k"という名前の可変変数を input$k と呼び出している。呼び出した値を k とした上で、あとは、kNN法のkの値としてそれを使った処理をした上でプロットすればよい。
```{r,echo=FALSE}
renderPlot({
  k <- input$k
  for(i in 1:length(Y.hat.value)){
  Y.hat.value[i] <- mean(y[ord[1:k,i]])
  }
  
  Y.hat <- rep(0,length(Y.hat.value))
  Y.hat[which(Y.hat.value <= 0.5)] <- 0
  Y.hat[which(Y.hat.value > 0.5)] <- 1
  
  plot(X12,pch=15,col=Y.hat+1,xlim=range(x[,1]),ylim=range(x[,2]))
})
```