Cox Proportional-Hazards Regression for Survival Data

• Rのpackage は　"survival"
• 解説ＰＤＦはこちら
• このページの末尾のようなテキストファイル"survivalData.txt"(WeeksToOnset(発病までの期間、もしくは、censoring time（打ち切り時間)と、1個のＳＮＰのディプロタイプと別の0/1変数)
• こう実行

library(survival)
data<-read.table(file="survivalData.txt")
coxout<-coxph(Surv(WeeksToOnset, Disease) ~ varX+SNP,data=data)
summary(coxout)
plot(survfit(coxout), xlab="Onset", ylab="Proportion Not Developed TC")

• 出力のサマリーは

Call:
coxph(formula = Surv(WeeksToOnset, Disease) ~ varX + SNP, data = data)

  n= 68 

        coef exp(coef) se(coef)     z Pr(>|z|)    
varX  0.2952    1.3434   0.3229 0.914    0.361    
SNP   3.5372   34.3709   0.6046 5.851  4.9e-09 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

     exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
varX     1.343    0.74437    0.7134      2.53
SNP     34.371    0.02909   10.5091    112.41

Rsquare= 0.564   (max possible= 0.982 )
Likelihood ratio test= 56.5  on 2 df,   p=5.392e-13
Wald test            = 34.29  on 2 df,   p=3.590e-08
Score (logrank) test = 48.87  on 2 df,   p=2.448e-11

• プロットは掲載図

• 入力ファイル

	WeeksToOnset	Disease	varX	SNP
1	9	0	1	1
2	3	0	1	1
3	7	0	0	0
4	5	0	1	1
5	3	0	1	1
6	12	0	1	1
7	11	0	0	2
8	10	0	0	0
9	8	0	1	0
10	11	0	0	1
11	7	0	1	2
12	9	0	1	1
13	9	0	0	1
14	3	0	1	1
15	8	0	1	1
16	7	0	1	1
17	4	0	1	1
18	8	0	1	1
19	7	0	1	0
20	11	0	0	0
21	11	0	1	1
22	11	0	1	0
23	4	0	1	0
24	5	0	1	1
25	7	1	1	2
26	12	1	1	1
27	14	1	1	1
28	7	1	1	2
29	1	1	0	2
30	14	1	0	1
31	5	1	1	2
32	12	1	0	1
33	18	1	1	1
34	12	1	1	1
35	10	1	1	1
36	2	1	0	2
37	13	1	1	1
38	18	1	1	1
39	4	1	1	2
40	0	1	0	2
41	4	1	1	2
42	1	1	1	2
43	18	1	1	1
44	6	1	0	2
45	8	1	1	2
46	11	1	1	1
47	8	1	0	2
48	15	1	0	1
49	1	1	1	2
50	6	1	1	2
51	11	1	1	1
52	5	1	1	2
53	7	1	0	2
54	11	1	0	1
55	2	1	1	2
56	14	1	0	1
57	15	1	1	1
58	18	1	0	1
59	15	1	0	1
60	2	1	0	2
61	7	1	0	2
62	16	1	0	1
63	17	1	1	1
64	14	1	1	1
65	18	1	1	1
66	6	1	0	2
67	19	1	0	1
68	6	1	0	2