７ CNPケースコントロール関連検定手法をSNPケースコントロール関連検定手法から拡張する

• SNPは３ジェノタイプ、CNPはNg=３以上のジェノタイプがある
• SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す
  • ジェノタイプを順序なしカテゴリとする
    • (1)２ｘ３分割表のカイ自乗検定・・・対応検定２ｘNg分割表カイ自乗検定
    • (2)その正確確率検定・・・その正確確率検定(計算量が多く非現実的)
  • 特定モデル
    • Additive model相当・・・コピー数和について１ずつ重みを加えるモデル
      • 傾向性検定
        • (3)Cockran-Armitage・・・なし
        • (4)Trend カイ自乗検定・・・SNPに同じ
      • (5)アリルの２ｘ２表カイ自乗検定・・・アリルの２ｘNa表カイ自乗検定
      • (6)アリルの２ｘ２表正確確率検定・・・その正確確率検定(計算量が多く非現実的)
      • (7)Mann-Whitney・・・SNPに同じ
      • (8)線形回帰・・・SNPに同じ
    • 優性モデル相当・・・コピー数の多寡の閾値に応じて、多様になる
      • コピー数和が閾値以下とそれより大の２群に分ける
      • (9)２ｘ２表作り直しカイ自乗検定・・・SNPに同じ
      • (10)２ｘ２表作り直し正確確率検定・・・可能(ただし、正確確率の計算方法は不適切)
      • (11){1,1,0}重み付けの傾向性カイ自乗検定・・・{1,1,...,1,0,0,...0}のように重み付ける。SNPに同じ
    • 劣性モデル相当・・・優性モデルで述べた拡張法に含まれる
      • (12)２ｘ２表作り直しカイ自乗検定
      • (13)２ｘ２表作り直し正確確率検定
      • (14){1,0,0}重み付けの傾向性カイ自乗検定

• • サンプル２ｘ６分割表

49	42	9	12	5	4	
45	41	14	11	3	6	

• • 結果

---ジェノタイプを順序なしカテゴリとする
(1)		2x6 Table ChiSqTestP(df=5)
(2)	-----------------
---Additive model相当
(3)	-----------------	Cockran-Armitage Trend P
(4)	0.6603449799708931	TrendChiSqP
(5)	-----------------	2x2 Table of allele ChiSqTestP(df=1)
(6)	-----------------	2x2 Table of allele ExactP
(7)	0.5475621670659176	Mann-Whiteney
(8)	0.6619374063504799	Linear Regression
---優性・劣性モデル相当
(9)	0.6335392359321141	1	More than 0コピー vs. Others	
	0.5338275983821452	1	More than 1コピー vs. Others	
	0.8868654597888093	1	More than 2コピー vs. Others	
	0.985398587937991	1	More than 3コピー vs. Others	
	0.5096336907791201	1	More than 4コピー vs. Others