de novo 変異
- トリオのデータからは、子の全座位のアレルの由来親が確認できます(以下の図参照)。
Father: F1F2F3... f1f2f3... Mother: M1M2M3... m1m2m3... Child: ...CiCi+1Ci+2Ci+3... = ...FiFi+1fi+2fi+3...fjfj+1fj+2fj+3... ...cici+1ci+2ci+3... = ...mimi+1mi+2mi+3...mjmj+1Mj+2Mj+3...
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- 組換えが父方染色体のi+1番とi+2番との間で起きていることが分かります。ただし、塩基レベルでの組換え・交叉にあたっては、１塩基単位ではなく、数百ー千塩基長が巻き込まれますので、これよりは複雑です。
- 全アレルの由来親がわかるので、新規変異もわかります。ただし新規変異の数は少なく(１受精卵あたり数個。。。だったような)、アッセイエラーにまぎれてしまうので、真の新規変異かどうかはおそらう再アッセイによるバリデーションが必要です。
Child: ...CiCi+1Ci+2Ci+3... = ...FiFi+1fi+2fi+3...fjfj+1fj+2fj+3... ...cici+1ci+2ci+3... = ...mimi+1mi+2mi+3...mjmj+1Mj+2Mj+3...
- 少なくとも２つのことが言えると思います。ひとつは、新規変異に関すること、もう一つは劣性遺伝形質に関することです。
- de novo変異
- 生まれて生きている個人に認められる変異を調べると、胎性致死の変異は検出できない。たとえば、たとえ１アレルでも胎性致死の変異は生者には認められず、胚・胎児で何らかの理由で流産・死産となったものに認められる。研究倫理の適用が生者と異なるので留意
- 子に認められ、親に認められない形質、しかも、家系に認められない形質は、de novo 形質としてde novo 変異との因果関係を疑うことが可能。劣性遺伝形質の子が、その形質を知られている家系の親と、その形質がないことが知られている家系の親から生まれたときは、形質フリーの親からの新規変異に原因を求めることが可能。ただし、親子関係の確かさも疑う(全ゲノムシークエンスしてあればすぐ分かる)
- Recessive traits
- 子がホモで両親がヘテロのローカスは大量にあるので、これを劣性形質と結び付けようとすると、ローカスに序列をつける必要が出る。序列は、その多型が集団でホモになる確率(これが有病率)でつけることになる。複数個人の全ゲノム情報が得られるだろうから、全ローカスのアレル頻度について、おおまかな情報は得られる。それを用いると、明らかに、集団中でのアレル頻度が高すぎるローカスがわかる。このようなローカスを除いた残り全部と、トリオデータで可能性ありとなったローカスの積集合が、標的となる。
- de novo変異
