外部向け講義実習３

• 受講者に合わせて、下記の用意内容(全部は無理)の濃淡・取捨選択をする・・・(か？）
• 生命情報工学研究センター
  • 生命情報科学人材養成コンソーシアム
    • 遺伝医学
      • 開講日：2010年10月 29日（金）
      • 開催時間：10：30〜17：00
• スライド(予定)
• 京大集中講義での所要時間の具合より、下記内容を仮に予定することとする(2010/09/18)
  • 遺伝統計学概観
  • 遺伝学基礎
    • フェノタイプとジェノタイプ
    • 多型総論
    • 多型の３要素
      • 変異・組換え・遺伝的浮動
  • 遺伝統計学でのデータの扱い
    • カテゴリカルデータ型
    • 順序
    • 自由度
  • 分割表検定
    • パーミュテーション(順列)テスト
    • 正確確率検定
    • 漸近近似検定
      • ピアソンの独立性検定(カイ自乗検定)
      • 尤度比検定
    • 確率と尤度
    • HWEの検定(漸近近似検定と正確確率検定)
  • 検定統計量と指数
    • HWEと連鎖平衡
    • 平衡の指数とカイ自乗値
  • 多数の要素の取り扱い
    • ペアワイズ相関プロット(ＳＮＰのＬＤプロット)
    • 多要素のペアワイズ関係をクラスタ(樹形図)に(階層的クラスタリング)
    • 非階層的クラスタリングとPCA
  • 連鎖解析
    • 木を尤度で解析する
  • たくさんの検定
    • マルチプルテスティング補正の基礎
    • 全部、帰無仮説が正しい場合
      • ボンフェロニの方法
      • シダックのファミリーワイズエラーレート
    • 帰無仮説が正しいとは限らない場合
      • 対立仮説が正しいとき(検定パワーの評価)
      • すべての仮説は対立仮説、ただし、対立仮説の強弱にきれいな分布がある(ジェノミック・コントロール法)
      • 相当数の仮説は対立仮説、ただし、分布は気にしない、比率を気にする(ＦＤＲ法)