サイクルのある家族

• 今日の前の記事でサイクルのない家系図をpivotで核家族に分解してみた
• ループ(近親婚)があるとどうなるかを見よう

p<-matrix(
c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,
  0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 4, 6,  6,  0,  0, 12, 13,
  0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 3, 7,  7,  0,  0, 7, 10,
  0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0,  0,  0,  1,  1,  1,
  1,1,1,1,3,1,1,1,1,2,1,1,2,1),
  ncol=5)
MakePedigreeFromFamilyInfo<-function(p){
	ns<-length(p[,1])
	affected<-status<-rep(1,ns)
	affected[which(p[,5]==2)]<-0
	affected[which(p[,5]==3)]<-0
	status[which(p[,5]==1)]<-0
	status[which(p[,5]==2)]<-0
	ptemp<-pedigree(id=p[,1],dadid=p[,3],momid=p[,2],sex=p[,4],affected=affected,status=status)
	if(sum(ptemp$affected)==0)ptemp$affected<-affected
	ptemp
}

plot(MakePedigreeFromFamilyInfo(p))

subnucs(p)

• エラーが吐かれる

subnucs(p)
NULL
 警告メッセージ： 
In subnucs(p) : Loop detected, likelihood calculations will not work.