型 カテゴリ型 順序あり 順序なし ２値 連続型 多次元 ベクトル 尺度間の関係 グループをなす 排他的 共存的 階層構造をなす 親子関係 尺度の空間配置 カテゴリ型 独立か非独立か 直交関係 正単体関係

アナログデータをデジタルデータとして取り出すとき 胸部X線写真の読影を体系的に行うこととして、その読影による読み取り情報の量と質を評価する基準は置けるか、おけるとしたらどう置くか たとえばこんなマニュアル たとえばこんなマニュアル化 どんな『視…

治療とは 医学的に望ましくない状態から医学的に望ましい状態への変化を促す介入 薬 薬は食物ではない 薬と食物の違い いつも摂取するか、いつもは摂取しないか 平時か非常時か 安全性の検証歴が長いか短いか 消化・吸収・代謝か、吸収・解毒・排泄か 毒とし…

遺伝性・遺伝率 家族集積性 再発危険率 de novo 変異：遺伝しない個人差

生理的多様性と病的多様性はそもそも存在するか 片方だけ存在する 両方とも存在する 両方とも存在するとして 質的な違いか 量的な違いか どちらでもないか、どちらでもあるか 質的な違い、さてどんな？ 量的な違い、さてどのくらい？ どのように？ 違いはデ…

何から逸脱するか システムバイオロジー的視点から(参考：こちら) 安定した系からの逸脱 センサー型転写調節ネットワークからの逸脱（？） 決められたコースからの逸脱 発生転写ネットワークからの逸脱（？） 時間の要素 , 静的:異なる状態に固定しているこ…

ジェノタイプとフェノタイプだけに分ける ジェノタイプ以外はフェノタイプ オミックスと階層的フェノタイプ バイオマーカーというフェノタイプ 診断基準というフェノタイプ

遺伝 変異・組み換え・遺伝的浮動 変異率 次世代に伝わる割合 遺伝的浮動 連鎖 連鎖不平衡 ハプロイドの多様性 変異距離とハミング距離 種間多様性と種内多様性 組換え距離 ディプロイドの多様性 優性・劣性 相加・相乗 組み合わせ効果

システム生物学入門 -生物回路の設計原理-作者: Uri Alon,倉田博之,宮野悟出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2008/10/23メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 17回この商品を含むブログ (2件) を見る 第１章 序 生物にある一般化原理の探索 生物が利用してい…

理性の限界――不可能性・不確定性・不完全性 (講談社現代新書)作者: 高橋昌一郎出版社/メーカー: 講談社発売日: 2008/06/17メディア: 新書購入: 56人 クリック: 299回この商品を含むブログ (177件) を見る 以下を扱っている アローの不可能性定理 ハイゼンベ…

参考→こちらのPPTはよい Burrows-Wheeler変換の特徴をそのPPTから抜粋 可逆変換 圧縮しやすい(同じ文字が並びやすいから) 元の文書なしで全文検索が可能 部分文字列・部分一致文字列探索に向いている→次世代シークエンサーのマッピングに応用 接尾辞木の節点…

Exact-match BW行列は辞書式順序で並んでいる これを利用する あるクエリー配列の末尾の１文字を見て、その文字がBW行列の左端に来ている行を選択する それを満足する行数を数える(それらは固まって存在している） 次いで、クエリー配列の末尾から１、２文字…

#元の文字列 > T [1] "g" "c" "a" "c" "c" "c" # BW行列 > sortedM [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [1,] "$" "g" "c" "a" "c" "c" "c" [2,] "a" "c" "c" "c" "$" "g" "c" [3,] "c" "$" "g" "c" "a" "c" "c" [4,] "c" "a" "c" "c" "c" "$" "g" [5,] "c" …

Burrows-Wheeler変換(BWT)はBWTに基づくインデックス方法を用いる 大規模テキストの検索に向く 少メモリで実行可能なことを特徴とする 圧縮技術・塩基配列処理に応用されている BWインデックスを説明する 文字列"acaacg"にBWインデックスを付ける "a,t,g,c"…

地震予知に関するNatureへの投稿Letter(こちら)の末尾は"... research ... must be soundly based on physics, impartially reviewed, ..."と締めくくられています。 "Impartial","Impartiality","Impartially"という単語、自分では使わないので気になりまし…

テキストはこれにすることに確定 Applied Statistical Genetics with R: For Population-based Association Studies (Use R!)作者: Andrea S. Foulkes出版社/メーカー: Springer New York発売日: 2009/05/06メディア: ペーパーバック購入: 4人 クリック: 67…

こちらから。 Topology of biology(こちらやこちら)。 第１のペイパーでは、RNAをPhenotypeにDNAをGenotypeにしている 一般に。 GenotypeとPhenotypeをそれぞれ空間の位置に対応付けて、その対応関係が１対１のとき、写像で考える。 あるGenotypeはあるPheno…

レビュー Rare variant association analysis methods for complex traits, by J. Asimit and E.Zeggini in Anu.Rev.Genet. 2010. 44:293-308 レアバリアント(マイナーアレルが Multiple rare variant(MRV) hypothesis vs. Common disease common varinat hy…

ほどほどの遠近関係の友達がいて、友達の多様度が高いとパワーが大きい Ks<-3 CheckDists<-seq(from=3,to=3,length.out=1) nperm<-100 ks<-c(2,5,10,50) #t1s<-acos(seq(from=0,to=1,length.out=20)) t1s<-seq(from=0,to=1,length.out=20)*pi/2 t2s<-seq(fro…

k次元空間にn個の単位ベクトルがある ベクトル同士の内積が関係を表す ペアワイズな内積が個計算される その内積から、k次元単位球面上にn個のベクトルを再配置する library(sphere) k<-5 n<-30 X<-RandomSphere(df=k,n=n) X #ペアワイズな内積の行列 Y<-X%*…

連続 離散 離散 パターン化した離散 現実的なパターン化していない(しにくい)離散 パターン化した離散 幾何的離散 連鎖不平衡的離散 幾何的離散 正単体を先端に付けた花束状態 初めは、先端は点で始まる 点が開いて行って、あるとき、持ち手と花束の先端とが…

k+1個の頂点を持つk正単体の１辺の長さをrとし、中心と頂点との距離をxとする 中心と頂点を結ぶ頂点ベクトルを任意に２つとると、そのなす角tについてなので、２つの頂点ベクトルが作る二等辺三角形(底辺が頂点を結ぶ三角形)について、正単体の中心から垂線…

昨日、「同じのマーカーの取り方と多次元球・正単体について書いた 検定のパワーとＬＤのことを考えるための導入だ 話を進める前に多次元球とその球面上の減次元球について考えよう k次元球があり、その外部の点から、球を見ると、太陽を地球から眺めている…

昨日、「同じのマーカーの取り方について書いた とは、マーカー間の関係を数値化したものであるので、それを角度ととらえて、幾何的に考えることにする 球と単体とは、「相互関係がそろっている点」を扱う仕組みであるのは、こちらの記事の通りなので、それ…

k次元球は、k次元空間にあって、ある点からの距離が等しい点の集まり 距離が１であるような点の集まりはk次元単位球。簡単のために原点を中心とする k次元球面にk+1個の点を取って、k+1個の頂点座標ベクトルのどの２つをとってもその成す角が等しくなるよう…

サンプルを集めたらアレル頻度0.5のSNPマーカーがいくつかあったとする 今、あるマーカーとのLD関係がで等しいようなマーカーを複数作ることを考える ２通りで作ろう １つ目 次のように、すべてのマーカー同士の関係が均等 個のマーカーが作れる Nh<-40 step…